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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iwd | |||||||||
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タイトル | Aspergillus niger Rha-2 | |||||||||
![]() | Alpha-L-rhamnosidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Alpha-L-rhamnosidase / Pichia pastoris / Aspergillus niger / glycosylation | |||||||||
機能・相同性 | alpha-L-rhamnosidase / alpha-L-rhamnosidase activity / Alpha-L-rhamnosidase, six-hairpin glycosidase domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase 6 hairpin glycosidase domain / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / carbohydrate metabolic process / alpha-L-rhamnosidase![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Li, L.J. / Li, L. / Wang, M.H. / Jiang, Z.D. / Zhu, Y.B. / Jin, T.C. / Ni, H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and catalytic function of alpha-L-rhamnosidase from Aspergillus niger 著者: Li, L.J. / Li, L. / Wang, M.H. / Jiang, Z.D. / Zhu, Y.B. / Jin, T.C. / Ni, H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 331.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 231.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 5.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8iwfC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 68325.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 6種, 13分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||||
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#3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: 糖 | ChemComp-NAG / | |
-非ポリマー , 2種, 71分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: 化合物 | ChemComp-EDO / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.18 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG1500, 0.1M Tris pH 7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979183 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.81→145.34 Å / Num. obs: 20573 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 67.11 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.81→2.96 Å / Num. unique obs: 3012 / CC1/2: 0.889 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.81→55.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 42.6215418473 Å / Origin y: -23.7568500337 Å / Origin z: -37.9580237343 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |