PDB-8iw2: Entamoeba histolytica Pyruvate kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iw2

タイトル

Entamoeba histolytica Pyruvate kinase

要素

Pyruvate kinase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Glycolytic enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / glycolytic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Rath, P.P. / Gourinath, S. / Kumari, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Entamoeba histolytica Pyruvate kinase
著者: Rath, P.P. / Gourinath, S.

履歴

登録	2023年3月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iw2.cif.gz	143 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iw2.ent.gz	109.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iw2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iw2_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iw2_full_validation.pdf.gz	428.7 KB	表示
XML形式データ	8iw2_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	8iw2_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/8iw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/8iw2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase

36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyruvate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer in solution
73.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.801, 89.536, 37.138
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-535- HOH

#1: タンパク質	Pyruvate kinase 分子量: 36922.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ) 株: HM-1 / 遺伝子: EHI_098420 / Variant: IMSS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) / 参照: UniProt: C4LXC4, pyruvate kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.33 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 50mM MES buffer, pH 6.2, 0.2M LiCl2, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→42.937 Å / Num. obs: 29332 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.109 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.956 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1583 / CC_1/2: 0.718 / R_pim(I) all: 0.485 / Χ²: 0.93 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→42.937 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2.846 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2017	1526	5.209 %
R_work	0.1706	27769	-
all	0.172	-	-
obs	-	29295	98.7 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.543 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.628 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.505 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.133 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.937 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2551	0	0	166	2717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	2595
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.899	1.649	3502
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.617	1.573	5843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.814	5	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.242	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.606	10	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.425	10	118
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	565
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.264	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.13	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.4	2.086	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.396	2.086	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.143	3.743	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.145	3.744	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.358	2.565	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.359	2.568	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.376	4.484	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.374	4.486	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.242	24.183	2920
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.227	23.494	2887

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.292	135	0.29	2004	0.291	2164	0.899	0.919	98.8447	0.27
1.795-1.845	0.277	100	0.274	1948	0.274	2090	0.925	0.931	97.9904	0.251
1.845-1.898	0.271	96	0.224	1886	0.227	2034	0.942	0.957	97.4435	0.195
1.898-1.956	0.223	96	0.198	1904	0.199	2013	0.969	0.966	99.3542	0.172
1.956-2.02	0.209	90	0.182	1799	0.184	1891	0.97	0.976	99.8942	0.155
2.02-2.091	0.205	89	0.165	1799	0.167	1898	0.972	0.979	99.4731	0.139
2.091-2.17	0.205	89	0.162	1702	0.164	1798	0.97	0.982	99.6107	0.137
2.17-2.258	0.216	91	0.166	1648	0.169	1747	0.97	0.981	99.5421	0.142
2.258-2.358	0.204	86	0.159	1529	0.162	1658	0.973	0.984	97.4065	0.139
2.358-2.473	0.225	74	0.166	1525	0.169	1620	0.972	0.982	98.7037	0.142
2.473-2.606	0.219	81	0.157	1423	0.16	1507	0.969	0.984	99.8009	0.142
2.606-2.764	0.181	78	0.154	1391	0.155	1472	0.979	0.985	99.7962	0.137
2.764-2.954	0.239	86	0.174	1265	0.179	1356	0.965	0.981	99.6313	0.161
2.954-3.189	0.224	71	0.178	1203	0.18	1286	0.973	0.981	99.0669	0.161
3.189-3.491	0.194	62	0.164	1074	0.166	1182	0.982	0.985	96.1083	0.158
3.491-3.9	0.158	62	0.155	1019	0.156	1093	0.983	0.986	98.9021	0.154
3.9-4.497	0.143	60	0.13	892	0.13	966	0.988	0.991	98.5507	0.134
4.497-5.493	0.206	39	0.142	771	0.144	826	0.978	0.989	98.063	0.15
5.493-7.706	0.111	28	0.183	608	0.179	666	0.993	0.981	95.4955	0.186
7.706-42.937	0.197	13	0.162	379	0.163	412	0.976	0.984	95.1456	0.175

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関連情報:EMDBヘッダ

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