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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8iw2 | ||||||
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Title | Entamoeba histolytica Pyruvate kinase | ||||||
![]() | Pyruvate kinase | ||||||
![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / Glycolytic enzyme | ||||||
Function / homology | ![]() pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / phosphorylation / glycolytic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rath, P.P. / Gourinath, S. / Kumari, P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Entamoeba histolytica Pyruvate kinase Authors: Rath, P.P. / Gourinath, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 142.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 109.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 36922.004 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: HM-1 / Gene: EHI_098420 / Variant: IMSS / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 / Details: 50mM MES buffer, pH 6.2, 0.2M LiCl2, 20% PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 5, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.977 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→42.937 Å / Num. obs: 29332 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 9.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.956 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1583 / CC1/2: 0.718 / Rpim(I) all: 0.485 / Χ2: 0.93 / % possible all: 99.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.543 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→42.937 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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