PDB-8iw0: Crystal structure of the KANK1/liprin-beta1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iw0

タイトル

Crystal structure of the KANK1/liprin-beta1 complex

要素

Liprin-beta-1,KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / Focal adhesion / Cortical microtubule stabilizing complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lamellipodium morphogenesis / negative regulation of ruffle assembly / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / podocyte cell migration / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / negative regulation of actin filament polymerization / cortical microtubule organization / regulation of Rho protein signal transduction / regulation of establishment of cell polarity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zhang, J. / Chen, S. / Wei, Z. / Yu, C.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: KANK1 shapes focal adhesions by orchestrating protein binding, mechanical force sensing, and phase separation.
著者: Guo, K. / Zhang, J. / Huang, P. / Xu, Y. / Pan, W. / Li, K. / Chen, L. / Luo, L. / Yu, W. / Chen, S. / He, S. / Wei, Z. / Yu, C.

履歴

登録	2023年3月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iw0.cif.gz	139.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iw0.ent.gz	110.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iw0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iw0_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iw0_full_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示
XML形式データ	8iw0_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	8iw0_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/8iw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/8iw0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ivzC 8iw5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Liprin-beta-1,KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 1

B: Liprin-beta-1,KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 1

D: Liprin-beta-1,KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 1

C: Liprin-beta-1,KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 1

43.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Liprin-beta-1,KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 1

B: Liprin-beta-1,KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Liprin-beta-1,KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 1

C: Liprin-beta-1,KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.151, 36.882, 93.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Liprin-beta-1,KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 1 / Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein-binding protein 1 / ...Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein-binding protein 1 / PTPRF-interacting protein-binding protein 1 / Ankyrin repeat domain-containing protein 15 / Kidney ankyrin repeat-containing protein 分子量: 10766.383 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal,N-terminal / 由来タイプ: 組換発現詳細: The liprin-beta1 N-terminal sequence "MMSDASDMLAAALEQMDGIIAGS" is fused to The KANK1 sequence "SPMHLQHIREQMAIALKRLKELEEQVRTIPVLQVKISVLQEEKRQLVSQLKNQRAASQIN" with 2-GS linker in between.,The ...詳細: The liprin-beta1 N-terminal sequence "MMSDASDMLAAALEQMDGIIAGS" is fused to The KANK1 sequence "SPMHLQHIREQMAIALKRLKELEEQVRTIPVLQVKISVLQEEKRQLVSQLKNQRAASQIN" with 2-GS linker in between.,The liprin-beta1 N-terminal sequence "MMSDASDMLAAALEQMDGIIAGS" is fused to The KANK1 sequence "SPMHLQHIREQMAIALKRLKELEEQVRTIPVLQVKISVLQEEKRQLVSQLKNQRAASQIN" with 2-GS linker in between. 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: Ppfibp1, Kiaa1230, KANK1, ANKRD15, KANK, KIAA0172 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C8U0, UniProt: Q14678
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Liprin-beta-1,KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 1 / Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein-binding protein 1 / ...

分子量: 10766.383 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal,N-terminal / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The liprin-beta1 N-terminal sequence "MMSDASDMLAAALEQMDGIIAGS" is fused to The KANK1 sequence "SPMHLQHIREQMAIALKRLKELEEQVRTIPVLQVKISVLQEEKRQLVSQLKNQRAASQIN" with 2-GS linker in between.,The ...
由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Ppfibp1, Kiaa1230, KANK1, ANKRD15, KANK, KIAA0172
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C8U0, UniProt: Q14678

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.55 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2% v/v TacsimateTM pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→47.92 Å / Num. obs: 20404 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.154 / R_rim(I) all: 0.169 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.06→2.17 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.829 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2971 / CC_1/2: 0.756 / R_rim(I) all: 0.914 / Χ²: 0.88 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→47.92 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2587	1911	9.99 %
R_work	0.2274	-	-
obs	0.2306	19138	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2472	0	0	100	2572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2497
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.541	3344
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.775	998
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	399
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	434

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.4089	134	0.3102	1215	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.21	0.366	134	0.3032	1199	X-RAY DIFFRACTION	99
2.21-2.28	0.3356	137	0.2699	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.35	0.2519	133	0.2588	1198	X-RAY DIFFRACTION	98
2.35-2.43	0.2722	138	0.2544	1238	X-RAY DIFFRACTION	99
2.43-2.53	0.2976	137	0.2628	1232	X-RAY DIFFRACTION	99
2.53-2.65	0.3251	137	0.2436	1235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.79	0.2837	134	0.2403	1211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.96	0.2911	138	0.2336	1236	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.19	0.2558	136	0.2354	1228	X-RAY DIFFRACTION	98
3.19-3.51	0.2524	136	0.2236	1224	X-RAY DIFFRACTION	99
3.51-4.02	0.2037	141	0.1904	1268	X-RAY DIFFRACTION	99
4.02-5.06	0.2055	135	0.1832	1216	X-RAY DIFFRACTION	97
5.06-47.92	0.2475	141	0.2206	1283	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3049	-1.05	-0.2231	2.561	0.2817	4.3585	-0.1282	0.3584	0.5313	-0.178	-0.7727	-0.2946	-0.2856	-0.5339	0.7487	0.6252	-0.001	-0.0611	0.3734	-0.0226	0.3835	14.433	7.9422	-9.9622
2	0.6454	0.197	0.4984	1.0949	0.7448	3.7694	0.1767	-0.1273	0.0318	0.4626	-0.0948	-0.0308	0.7442	-0.562	-0.1044	0.3788	-0.0335	0.0127	0.1658	-0.0009	0.2384	20.6238	7.9296	22.1094
3	1.7802	-1.3447	0.4404	2.3089	1.9163	4.1154	-0.1474	0.5252	-0.3785	-0.1748	-0.4129	0.9511	0.9544	-2.4463	0.586	0.7639	-0.2635	-0.0025	0.6256	-0.1111	0.4251	12.8433	-5.2831	-5.4912
4	1.1582	0.4239	0.147	1.8876	1.6803	3.2256	-0.048	0.0528	0.0275	0.0012	-0.1019	0.1849	-0.022	-0.2818	0.1047	0.308	-0.0157	0.0419	0.1286	0.0084	0.2299	19.3334	11.0318	19.6704
5	3.7251	0.0655	0.7675	2.2655	0.0898	2.6026	0.2411	-0.6918	-1.448	0.3086	-0.3499	-0.3025	0.5821	0.5741	-0.0159	0.6669	-0.084	-0.0478	0.5193	0.1495	0.3935	43.8852	-3.6432	60.4515
6	2.775	0.373	2.4033	0.8405	0.7765	3.8014	-0.3871	-0.209	0.244	-0.2168	-0.0312	0.124	-0.6004	-0.461	0.3265	0.282	-0.006	-0.0057	0.1787	0.0097	0.224	28.2052	-1.8616	36.9636
7	6.0783	1.7722	2.0034	3.1464	0.3933	3.379	-0.1261	-0.5987	1.0448	0.3812	-0.013	0.6448	-0.1972	-0.8373	0.2878	0.3747	0.112	-0.1094	0.4549	-0.1231	0.4712	36.6788	9.3359	54.9508
8	2.1166	0.8695	0.8175	1.2263	1.6292	4.2343	0.1618	-0.3967	0.0907	0.1424	-0.0713	-0.0058	0.05	-0.2238	0.1216	0.318	0.0158	0.0194	0.1362	-0.0238	0.2389	28.0081	-4.9817	39.1684

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 256 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 257 through 314 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 256 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 257 through 311 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 3 through 256 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 257 through 307 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 21 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 22 through 309 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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