PDB-8ivy: Beta-Glucosidase BglA mutant E166Q in complex with glucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ivy

タイトル

Beta-Glucosidase BglA mutant E166Q in complex with glucose

要素

Beta-glucosidase

キーワード

HYDROLASE / beta-Glucosidase / complex / glucose / laminaribiose

機能・相同性

beta-D-glucopyranose / :

機能・相同性情報

生物種

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Dong, S. / Xiao, Y. / Feng, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Key roles of beta-glucosidase BglA for the catabolism of both laminaribiose and cellobiose in the lignocellulolytic bacterium Clostridium thermocellum.
著者: Xiao, Y. / Dong, S. / Liu, Y.J. / You, C. / Feng, Y. / Cui, Q.

履歴

登録	2023年3月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ivy.cif.gz	395.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ivy.ent.gz	318.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ivy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ivy_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ivy_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8ivy_validation.xml.gz	43.3 KB	表示
CIF形式データ	8ivy_validation.cif.gz	66.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/8ivy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/8ivy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-glucosidase

B: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.558, 56.022, 98.515
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.19, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Beta-glucosidase / BglA

分子量: 55077.996 Da / 分子数: 2 / 変異: E166Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
遺伝子: DEF39_01465 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A921BS20

#2: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 992 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 70930 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.152 / R_pim(I) all: 0.063 / R_rim(I) all: 0.164 / Χ²: 0.982 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 473940

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.95-1.98	6.7	0.681	3501	0.774	0.934	0.281	0.738	0.921	99.7
1.98-2.02	6.7	0.594	3530	0.828	0.952	0.247	0.644	0.914	99.5
2.02-2.06	6.6	0.543	3540	0.829	0.952	0.228	0.59	0.943	99.6
2.06-2.1	6.5	0.48	3542	0.868	0.964	0.202	0.521	0.964	99.6
2.1-2.15	6.3	0.427	3533	0.885	0.969	0.183	0.465	0.933	99.4
2.15-2.2	5.9	0.358	3464	0.906	0.975	0.16	0.393	0.933	98.4
2.2-2.25	6.8	0.347	3560	0.932	0.982	0.143	0.376	0.988	99.8
2.25-2.31	6.9	0.315	3543	0.948	0.987	0.128	0.34	0.948	99.9
2.31-2.38	6.9	0.28	3546	0.958	0.989	0.114	0.302	0.929	99.8
2.38-2.46	6.9	0.255	3560	0.958	0.989	0.104	0.276	0.951	99.6
2.46-2.54	6.9	0.228	3546	0.966	0.991	0.093	0.247	0.929	99.4
2.54-2.65	6.8	0.206	3523	0.97	0.992	0.084	0.223	0.958	99.3
2.65-2.77	6.5	0.18	3550	0.978	0.994	0.076	0.196	0.987	98.9
2.77-2.91	6.5	0.152	3490	0.984	0.996	0.064	0.165	0.99	98.2
2.91-3.1	7.1	0.137	3567	0.987	0.997	0.055	0.148	0.997	99.8
3.1-3.33	7.1	0.11	3570	0.992	0.998	0.044	0.119	1.017	99.7
3.33-3.67	6.9	0.095	3589	0.993	0.998	0.038	0.103	1.119	99.6
3.67-4.2	6.3	0.08	3478	0.994	0.999	0.034	0.087	1.125	96.8
4.2-5.29	7	0.075	3637	0.995	0.999	0.03	0.081	1.05	99.9
5.29-50	6.5	0.082	3661	0.994	0.998	0.034	0.089	1.04	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→32.47 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2091	3547	5.09 %
R_work	0.1747	-	-
obs	0.1764	69752	97.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→32.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7352	0	36	992	8380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.666
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.716	996
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1068
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1320

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.98	0.2588	134	0.2068	2390	X-RAY DIFFRACTION	90
1.98-2	0.2649	132	0.2102	2578	X-RAY DIFFRACTION	94
2-2.03	0.2319	167	0.198	2550	X-RAY DIFFRACTION	96
2.03-2.07	0.2309	148	0.2007	2587	X-RAY DIFFRACTION	96
2.07-2.1	0.2276	139	0.1908	2627	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1-2.14	0.2384	125	0.1873	2670	X-RAY DIFFRACTION	98
2.14-2.18	0.2009	175	0.1819	2539	X-RAY DIFFRACTION	96
2.18-2.22	0.2257	143	0.1824	2638	X-RAY DIFFRACTION	98
2.22-2.26	0.2478	153	0.1839	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
2.26-2.31	0.2243	115	0.1825	2659	X-RAY DIFFRACTION	98
2.31-2.37	0.2369	139	0.1822	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
2.37-2.42	0.2278	133	0.1845	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
2.42-2.49	0.2156	123	0.1829	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
2.49-2.56	0.2098	152	0.1788	2663	X-RAY DIFFRACTION	98
2.56-2.65	0.2408	150	0.1786	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
2.65-2.74	0.2173	145	0.178	2669	X-RAY DIFFRACTION	98
2.74-2.85	0.1934	127	0.1803	2632	X-RAY DIFFRACTION	96
2.85-2.98	0.2085	136	0.1771	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
2.98-3.14	0.1997	161	0.168	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.33	0.1957	160	0.1632	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
3.33-3.59	0.1802	153	0.1559	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
3.59-3.95	0.1684	129	0.1573	2725	X-RAY DIFFRACTION	98
3.95-4.52	0.1796	146	0.1452	2662	X-RAY DIFFRACTION	97
4.52-5.69	0.2109	131	0.1689	2766	X-RAY DIFFRACTION	99
5.69-32.47	0.2241	131	0.1969	2740	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.784	-0.0632	-0.1139	0.7782	0.0891	0.862	0.0337	0.0816	0.0478	-0.0433	-0.0171	0.1056	-0.0395	-0.1383	-0.0218	0.0988	0.0187	-0.0069	0.1149	-0.0035	0.1151	-16.9613	21.1419	-63.4283
2	4.4929	0.8812	0.9043	1.4562	0.14	1.2594	-0.0529	0.1264	0.4069	-0.0885	0.0039	-0.0565	-0.3003	0.0205	0.0513	0.2129	0.0259	0.0453	0.1027	-0.0041	0.235	-8.4258	41.0578	-56.2378
3	1.6739	0.7485	-0.0768	1.8696	-0.1054	0.7867	0.0566	-0.1517	0.0458	0.0987	-0.0548	-0.0909	-0.1272	0.1048	-0.0024	0.1487	-0.008	0.0158	0.1325	-0.0314	0.1265	-2.9255	32.0041	-45.4348
4	1.5254	-0.0653	-0.4564	1.3827	0.6424	2.0949	0.0069	-0.1324	-0.0793	0.1688	-0.0042	0.0044	0.1418	0.0074	-0.0089	0.1056	0.002	0.0067	0.1036	0.0226	0.0876	-11.7299	14.3652	-44.0144
5	0.6832	0.0605	-0.3353	0.5764	0.0759	0.9455	0.0043	0.0204	-0.0322	0.0155	0.012	0.0453	0.0444	-0.1236	-0.0159	0.0979	-0.0112	-0.0065	0.0955	-0.0037	0.1036	-30.8925	4.6182	2.5844
6	4.4029	-0.4326	0.84	1.1862	-0.0777	1.227	-0.039	-0.0689	-0.3429	0.0926	0.0423	-0.0085	0.3289	0.0174	0.0114	0.248	0.0087	0.0219	0.0959	-0.0163	0.1616	-19.3218	-14.7678	-0.5789
7	1.6614	-0.8152	0.5364	2.133	-0.8683	0.9401	-0.0469	0.0835	0.0132	-0.0461	-0.0441	-0.2023	0.1204	0.204	0.0969	0.1466	0.0181	0.0334	0.1696	-0.0213	0.1052	-10.3211	-5.0891	-8.0245
8	0.8737	-0.2237	-0.0897	1.2114	0.4947	2.603	0.0029	0.0953	0.061	-0.0913	0.0299	-0.0483	-0.157	0.1024	-0.0295	0.0834	-0.0243	0.0215	0.1285	0.0059	0.0967	-18.4741	12.2186	-12.9284

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 210 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 211 through 290 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 291 through 355 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 356 through 451 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 210 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 211 through 290 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 291 through 355 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 356 through 451 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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