PDB-8ivk: Cryogenic temperature crystal structure of Escherichia coli CyaY

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ivk

タイトル

Cryogenic temperature crystal structure of Escherichia coli CyaY

要素

Iron-sulfur cluster assembly protein CyaY

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / CyaY / Escherichia coli / Frataxin

機能・相同性

機能・相同性情報

iron chaperone activity / iron-sulfur cluster assembly / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Shafiei, A. / DeMirci, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryogenic temperature crystal structure of Escherichia coli CyaY
著者: Shafiei, A. / DeMirci, H.

履歴

登録	2023年3月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ivk.cif.gz	62.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ivk.ent.gz	44.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ivk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ivk_validation.pdf.gz	426.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ivk_full_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示
XML形式データ	8ivk_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	8ivk_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/8ivk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/8ivk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron-sulfur cluster assembly protein CyaY

12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.456, 44.456, 98.425
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Iron-sulfur cluster assembly protein CyaY 分子量: 12242.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cyaY / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SKF0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.37 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M Citric acid, 4.0 M Sodium chloride (pH 4.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→22.23 Å / Num. obs: 18719 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.11
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / Num. unique obs: 1821 / CC_1/2: 0.582

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1	精密化
CrysalisPro	1.171.42.35a	データ削減
CrysalisPro	1.171.42.35a	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→22.23 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2169	1867	9.97 %
R_work	0.1764	-	-
obs	0.1804	18718	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→22.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	863	0	0	159	1022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.482
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.285	120
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	129
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.017	171

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.54	0.2459	143	0.2424	1289	X-RAY DIFFRACTION	99
1.54-1.59	0.2611	136	0.2194	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.64	0.2564	142	0.2094	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.7	0.2509	139	0.2037	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.76	0.2175	137	0.1841	1293	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.84	0.2405	143	0.1781	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.94	0.1704	140	0.1726	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.06	0.2085	140	0.1664	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.22	0.2026	147	0.1546	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.44	0.1991	142	0.1781	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.8	0.1925	148	0.1821	1314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.52	0.2242	151	0.1691	1319	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-22.23	0.2277	159	0.1614	1414	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7678	1.6162	3.5562	3.4942	2.4727	5.728	0.0119	0.1553	-0.0838	0.0895	0.0756	-0.0996	0.0567	0.2548	-0.1169	0.0742	0.0069	0.0142	0.0544	0.0063	0.1228	-16.2375	-4.2717	-14.7896
2	1.7474	1.1989	1.0124	2.1923	1.2405	2.125	0.1768	-0.1114	-0.1241	0.2826	-0.0477	-0.313	0.1062	0.0558	-0.0946	0.1011	-0.0156	-0.0215	0.0776	0.0029	0.0961	-16.7046	6.363	-1.3869
3	2.3559	1.5871	2.1156	4.7224	3.8629	5.9644	0.1305	-0.0767	-0.0444	-0.1039	-0.1025	-0.09	0.0473	-0.2968	0.0537	0.0809	-0.0135	-0.0047	0.0882	0.0021	0.0758	-23.1369	5.0652	-12.181
4	2.5689	0.2131	0.7008	3.326	1.7674	4.9341	0.0351	0.2514	-0.0365	-0.1527	0.0444	0.0113	-0.0515	0.0661	-0.0248	0.0679	0.0063	-0.0109	0.0689	0.0095	0.0713	-21.4834	7.1784	-19.6401
5	2.9644	-0.3128	0.7973	3.8172	0.2816	6.329	0.0231	0.5145	-0.3398	-0.2401	-0.0959	-0.5416	0.4971	0.4457	-0.0549	0.1154	0.0183	0.0513	0.1613	-0.0174	0.1857	-12.8219	3.6777	-23.7907
6	3.6148	-0.5601	3.3103	3.6585	-0.7302	3.4367	-0.2839	0.213	0.7127	-0.1981	0.1637	0.1908	-0.5568	-0.1947	0.2468	0.1421	-0.0231	-0.0185	0.1363	0.0403	0.136	-15.8859	12.3248	-24.0598
7	2.1479	0.2063	0.3475	0.5885	2.0455	7.4863	-0.0197	0.003	0.0012	-0.0827	-0.026	-0.1681	-0.2104	0.141	0.0257	0.0591	-0.0217	0.0057	0.0543	0.0163	0.0754	-11.4807	12.1366	-11.2057
8	2.9924	0.585	1.8544	2.74	0.4886	4.6091	-0.0485	-0.0324	-0.3503	0.1149	0.2042	-0.3925	0.4815	0.3613	-0.173	0.0934	-0.0103	0.017	0.1396	0.003	0.148	-5.4548	9.0103	-7.3842

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 47 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 54 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 55 through 74 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 80 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 81 through 86 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 87 through 99 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 100 through 106 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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