PDB-8iui: Crystal structure of silkworm fibroinase complexed with E-64

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iui

タイトル

Crystal structure of silkworm fibroinase complexed with E-64

要素

Fibroinase

キーワード

HYDROLASE / Cathepsin / Inhibitor / Complex / Silkworm

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Bombyx mori (カイコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Guo, P.C. / Wang, Z. / Zhao, P.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of silkworm fibroinase complexed with E64 silworm
著者: Guo, P.C. / Wang, Z. / Zhao, P.

履歴

登録	2023年3月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iui.cif.gz	173.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iui.ent.gz	132.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iui.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iui_validation.pdf.gz	971.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iui_full_validation.pdf.gz	976.8 KB	表示
XML形式データ	8iui_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	8iui_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iui	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Fibroinase

B: Fibroinase

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fibroinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fibroinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.180, 64.690, 92.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.641, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fibroinase 分子量: 23950.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q6T9Z7
#2: 化合物	ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE 分子量: 360.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₃₀N₅O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, 0.1 M Potassium thiocyanate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→92.09 Å / Num. obs: 58638 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.131 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.56→1.6 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.392 / Num. unique obs: 4333 / R_pim(I) all: 0.164 / R_rim(I) all: 0.425 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.56→92.085 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / WR_factor R_free: 0.27 / WR_factor R_work: 0.229 / SU B: 2.928 / SU ML: 0.1 / Average fsc free: 0.8256 / Average fsc work: 0.8373 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2693	2863	4.884 %
R_work	0.2313	55761	-
all	0.233	-	-
obs	-	58624	99.58 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.376 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.645 Å²	-0 Å²	0.077 Å²
2-	-	-0.904 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.441 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→92.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3360	0	50	211	3621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3486
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.601	1.636	4722
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.441	1.588	7084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.227	5	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.002	24.167	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.245	15	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.972	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	802
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	700
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	3117
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.142	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.212	1.48	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.204	1.479	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.868	2.218	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.869	2.218	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.935	1.733	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.935	1.731	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.953	2.512	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.952	2.514	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.741	17.729	3971
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.722	17.667	3952

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.56-1.601	0.342	212	0.333	4121	0.334	4384	0.584	0.583	98.8367	0.328
1.601-1.644	0.341	174	0.326	3966	0.327	4180	0.574	0.6	99.0431	0.32
1.644-1.692	0.349	197	0.313	3871	0.314	4107	0.686	0.708	99.0504	0.305
1.692-1.744	0.306	211	0.278	3780	0.28	4024	0.801	0.815	99.1799	0.27
1.744-1.801	0.276	207	0.254	3599	0.255	3835	0.855	0.864	99.2438	0.244
1.801-1.864	0.274	203	0.234	3535	0.236	3744	0.87	0.885	99.8397	0.223
1.864-1.935	0.274	172	0.238	3435	0.239	3616	0.874	0.885	99.7511	0.226
1.935-2.014	0.286	153	0.235	3313	0.238	3471	0.871	0.882	99.8559	0.225
2.014-2.103	0.303	160	0.24	3190	0.243	3358	0.859	0.876	99.7618	0.229
2.103-2.206	0.271	165	0.224	3029	0.227	3195	0.882	0.9	99.9687	0.216
2.206-2.325	0.274	149	0.21	2891	0.213	3041	0.893	0.914	99.9671	0.204
2.325-2.466	0.289	128	0.213	2736	0.216	2865	0.883	0.913	99.9651	0.207
2.466-2.636	0.241	99	0.217	2607	0.217	2708	0.908	0.913	99.9261	0.211
2.636-2.847	0.24	147	0.221	2360	0.222	2511	0.908	0.907	99.8407	0.22
2.847-3.119	0.255	124	0.214	2199	0.216	2324	0.908	0.925	99.957	0.218
3.119-3.486	0.212	105	0.21	2016	0.21	2121	0.927	0.933	100	0.216
3.486-4.025	0.205	85	0.195	1770	0.195	1859	0.934	0.944	99.7848	0.206
4.025-4.927	0.257	91	0.194	1500	0.197	1592	0.914	0.947	99.9372	0.212
4.927-6.958	0.332	56	0.241	1168	0.244	1234	0.891	0.924	99.1896	0.263
6.958-92.085	0.256	25	0.244	675	0.244	702	0.946	0.921	99.7151	0.272

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関連情報:EMDBヘッダ

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