PDB-8iud: Crystal Structure of bacterial defense protein GajB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iud

タイトル

Crystal Structure of bacterial defense protein GajB

要素

Gabija protein GajB

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / bacterial antiphage defense system / Gabija / GajB

機能・相同性

機能・相同性情報

recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / defense response to virus / hydrolase activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Oh, H. / Bae, E.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structural and functional investigation of GajB protein in Gabija anti-phage defense.
著者: Oh, H. / Koo, J. / An, S.Y. / Hong, S.H. / Suh, J.Y. / Bae, E.

履歴

登録	2023年3月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iud.cif.gz	215.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iud.ent.gz	172.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iud.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iud_validation.pdf.gz	424.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iud_full_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示
XML形式データ	8iud_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	8iud_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iud	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (5) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Gabija protein GajB

57.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.656, 70.261, 145.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Gabija protein GajB / Putative helicase GajB 分子量: 57757.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain VD045) (バクテリア) 株: VD045 / 遺伝子: gajB, IIE_04983 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J8HQ06
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 20 %(v/v) PEG 400, 20 %(v/v) Ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 91545 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.985 / Χ²: 0.042 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 689965

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	7.6	1.105	9151	1.116	1	100
2.07-2.15	7.6	0.724	9148	1.09	1	100
2.15-2.25	7.6	0.551	9189	1.08	1	100
2.25-2.37	7.6	0.386	9204	1.022	1	100
2.37-2.52	7.6	0.284	9221	0.992	1	100
2.52-2.71	7.6	0.187	9148	0.978	1	100
2.71-2.99	7.6	0.128	9186	0.911	1	100
2.99-3.42	7.6	0.084	9189	0.814	1	100
3.42-4.31	7.5	0.066	9166	0.707	1	100
4.31-50	7	0.068	8943	0.47	1	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	v723	データ収集
HKL-2000	v723	データスケーリング
AutoSol		位相決定
PHENIX	1.9_1692	モデル構築
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	V4.0	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→28.468 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2335	3779	4.14 %
R_work	0.197	-	-
obs	0.1986	91384	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.468 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3873	0	0	265	4138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3937
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.953	5310
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.405	1487
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	604
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	682

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0243	0.3288	117	0.3038	2892	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0243-2.051	0.355	151	0.292	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.051-2.079	0.3206	118	0.2851	3318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.079-2.1087	0.3141	143	0.2586	3231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1087-2.1402	0.3333	143	0.2556	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1402-2.1736	0.29	146	0.2443	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1736-2.2093	0.2785	134	0.2388	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2093-2.2473	0.2688	143	0.2332	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2473-2.2882	0.2705	141	0.2355	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2882-2.3322	0.2747	135	0.2175	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3322-2.3798	0.2689	142	0.2319	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3798-2.4315	0.2881	127	0.2221	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4315-2.488	0.3138	148	0.2204	3254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.488-2.5502	0.2834	136	0.2123	3280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5502-2.6191	0.2253	140	0.2031	3275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6191-2.6961	0.28	144	0.1964	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6961-2.783	0.2058	148	0.2086	3229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.783-2.8824	0.293	150	0.2292	3285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8824-2.9977	0.2663	128	0.2197	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9977-3.134	0.2328	148	0.2174	3239	X-RAY DIFFRACTION	100
3.134-3.299	0.2771	146	0.2072	3261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.299-3.5053	0.2037	138	0.1949	3294	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5053-3.7754	0.1733	143	0.1664	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7754-4.1543	0.1845	140	0.1616	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1543-4.753	0.1565	146	0.1398	3256	X-RAY DIFFRACTION	99
4.753-5.9792	0.2049	152	0.1794	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9792-28.468	0.2802	132	0.1993	3065	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.474 Å / Origin y: 60.4742 Å / Origin z: 61.3164 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3508 Å²	0.0154 Å²	0.0298 Å²	-	0.2592 Å²	-0.0078 Å²	-	-	0.2536 Å²
L	0.3969 °²	0.3309 °²	0.3247 °²	-	0.6149 °²	0.1754 °²	-	-	0.6657 °²
S	-0.0452 Å °	-0.0012 Å °	-0.0274 Å °	-0.0039 Å °	0.0396 Å °	-0.0319 Å °	0.0171 Å °	0.0013 Å °	0.0063 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)