PDB-8iu7: Structure of Staphylococcus aureus NrnA (Pde2) in complex with Mg2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iu7

タイトル

Structure of Staphylococcus aureus NrnA (Pde2) in complex with Mg2+

要素

Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA

キーワード

HYDROLASE / NanoRNase / phosphoesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Cheng, K. / Wang, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Staphylococcus aureus NrnA in complex with Mg2+.
著者: Cheng, K. / Wang, Y.

履歴

登録	2023年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iu7.cif.gz	570.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iu7.ent.gz	413 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iu7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/8iu7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ioo
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA

C: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA

D: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA

B: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA

ヘテロ分子

B: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
75.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA

ヘテロ分子

D: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.910, 119.670, 119.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.370, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA 分子量: 37488.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: nrnA_2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A266CBU5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.33 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 3350, 0.1M magnesium formate, Tris-HCl (pH 7.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→59.83 Å / Num. obs: 117351 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 46.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.86→1.91 Å / R_merge(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 8686

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Coot	0.9.8.7	モデル構築
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.86→38.32 Å / SU ML: 0.2937 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.1544
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2542	5965	5.09 %
R_work	0.2272	111314	-
obs	0.2286	117279	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→38.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10143	0	8	162	10313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0107	10335
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1193	13986
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0718	1551
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0147	1852
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.2344	1359

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.88	0.4794	204	0.4155	3665	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.88-1.9	0.4414	211	0.4136	3702	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.9-1.93	0.425	191	0.3988	3750	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.93-1.95	0.4157	189	0.3889	3691	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.95-1.98	0.3828	205	0.3701	3686	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.98-2	0.4048	200	0.3663	3675	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2-2.03	0.4187	157	0.3542	3730	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.03-2.06	0.3396	185	0.3349	3778	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.06-2.09	0.3363	205	0.3197	3693	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.09-2.13	0.3249	214	0.3064	3655	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.13-2.17	0.365	219	0.3037	3736	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.17-2.21	0.2857	197	0.2937	3628	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.21-2.25	0.3258	205	0.2794	3717	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.25-2.29	0.3057	242	0.2758	3681	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.29-2.34	0.3047	216	0.2801	3669	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.34-2.4	0.323	207	0.261	3745	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.4-2.46	0.2848	201	0.2652	3656	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.46-2.52	0.3182	160	0.2706	3769	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.52-2.6	0.2898	191	0.2784	3743	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.6-2.68	0.3343	201	0.275	3658	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.68-2.78	0.2894	178	0.2667	3803	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.78-2.89	0.3102	205	0.2762	3639	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.89-3.02	0.3055	241	0.2743	3676	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.02-3.18	0.2846	191	0.2633	3734	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.18-3.38	0.2919	176	0.2416	3732	X-RAY DIFFRACTION	99.52
3.38-3.64	0.2525	203	0.2245	3703	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.64-4.01	0.2304	177	0.2058	3744	X-RAY DIFFRACTION	99.52
4.01-4.58	0.1755	194	0.1785	3751	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.58-5.77	0.1818	207	0.1771	3709	X-RAY DIFFRACTION	99.52
5.77-38.32	0.2162	193	0.1656	3796	X-RAY DIFFRACTION	99.13

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.6144664856 Å / Origin y: -5.70125413626 Å / Origin z: 29.3042326437 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.388315969921 Å²	-0.030665059098 Å²	0.0131363199922 Å²	-	0.37578798926 Å²	-0.00210168265226 Å²	-	-	0.417393186563 Å²
L	0.144652821488 °²	-0.0718096776707 °²	0.0392937479193 °²	-	0.183708736624 °²	0.105259072293 °²	-	-	0.23338874007 °²
S	-0.0383788255392 Å °	-0.0354772286591 Å °	0.0382987103767 Å °	0.0618982634772 Å °	-0.0322907266571 Å °	0.0101211222268 Å °	0.0216896654029 Å °	-0.0469511174434 Å °	0.0721497321987 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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