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- PDB-8iu6: Crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase mutant from Enteroco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iu6
タイトルCrystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase mutant from Enterococcus faecium
要素Peptidyl-tRNA hydrolase
キーワードHYDROLASE / Peptidyl tRNA Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / rescue of stalled ribosome / tRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-tRNA hydrolase signature 2. / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 1. / Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase, conserved site / Peptidyl-tRNA hydrolase superfamily / Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pandey, R. / Tripathi, S. / Lanka, A.K. / Zohib, M. / Pal, R.K. / Arora, A.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)CSIR FBR MLP 2029 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR31893/MED/29/1390/2019 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase mutant from Enterococcus faecium
著者: Pandey, R. / Tripathi, S. / Lanka, A.K. / Zohib, M. / Pal, R.K. / Arora, A.
履歴
登録2023年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-tRNA hydrolase
B: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9904
ポリマ－41,8062
非ポリマー1842
水1,33374
1
A: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9952
ポリマ－20,9031
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9952
ポリマ－20,9031
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.739, 49.435, 65.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.868, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-338-

HOH

21A-340-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 186 / Label seq-ID: 1 - 186

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase


分子量: 20903.125 Da / 分子数: 2 / 変異: H19N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
遺伝子: pth / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A133CPV0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 7.5 0.2M Ammonium Sulfate 25% PEG 4K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2023年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→62.34 Å / Num. obs: 9021 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.9→3.01 Å / Num. unique obs: 861 / CC1/2: 0.95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7Y52

7y52


解像度: 2.9→32.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU ML: 0.472 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.502 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 445 5.073 %RANDOM
Rwork0.235 8327 --
all0.238 ---
obs-8772 97.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 41.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.753 Å2-0 Å20.189 Å2
2---0.236 Å20 Å2
3----3.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→32.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2794 0 12 74 2880
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0122870
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0162590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8811.6343877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3281.5456005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8235372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg15.5911012
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.091930.0501
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.091930.0501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.9750.28225577X-RAY DIFFRACTION93.1889
2.975-3.0560.456330.276570X-RAY DIFFRACTION95.7143
3.056-3.1430.363300.259567X-RAY DIFFRACTION96.1353
3.143-3.2390.331250.242564X-RAY DIFFRACTION96.875
3.239-3.3440.356320.26541X-RAY DIFFRACTION97.2835
3.344-3.460.333250.261516X-RAY DIFFRACTION97.4775
3.46-3.5890.273190.264528X-RAY DIFFRACTION97.6786
3.589-3.7340.235300.216481X-RAY DIFFRACTION97.5191
3.734-3.8970.279250.211473X-RAY DIFFRACTION97.6471
3.897-4.0850.21230.19468X-RAY DIFFRACTION98.5944
4.085-4.3020.265280.198422X-RAY DIFFRACTION98.0392
4.302-4.5580.25300.189402X-RAY DIFFRACTION98.4055
4.558-4.8650.365130.194388X-RAY DIFFRACTION98.2843
4.865-5.2450.281180.224361X-RAY DIFFRACTION98.1865
5.245-5.730.288190.253338X-RAY DIFFRACTION98.892
5.73-6.3810.341200.251310X-RAY DIFFRACTION98.5075
6.381-7.3210.277100.254284X-RAY DIFFRACTION99.3243
7.321-8.8520.234170.229228X-RAY DIFFRACTION98.3936
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5659-0.5735-0.91554.08890.21374.8718-0.0694-0.0023-0.0114-0.0708-0.01540.13810.1175-0.08990.08480.0231-0.02790.03210.1354-0.02150.07949.43110.307428.3046
22.2261-0.0799-0.62233.52920.68285.32290.1071-0.0268-0.09020.0128-0.05670.0957-0.1583-0.1016-0.05030.02020.01770.02980.14910.00590.10630.0754-9.019656.9811
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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