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- PDB-8itv: KL2.1 in complex with CRM1-Ran-RanBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8itv
タイトルKL2.1 in complex with CRM1-Ran-RanBP1
要素
  • CRM1 isoform 1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • YRB1 isoform 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / nuclear export inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitotic centrosome separation / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / NLS-bearing protein import into nucleus / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA ...positive regulation of mitotic centrosome separation / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / NLS-bearing protein import into nucleus / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / viral process / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / GTPase activator activity / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / Transcriptional regulation by small RNAs / recycling endosome / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / GDP binding / positive regulation of protein binding / nuclear envelope / melanosome / mitotic cell cycle / G protein activity / midbody / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / chromatin binding / GTP binding / chromatin / nucleolus / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal ...Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / small GTPase Ran family profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NITRATE ION / : / YRB1 isoform 1 / CRM1 isoform 1 / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sun, Q. / Jian, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: KL2.1 in complex with CRM1-Ran-RanBP1
著者: Sun, Q. / Jian, L.
履歴
登録2023年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: YRB1 isoform 1
C: CRM1 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,10936
ポリマ－155,9443
非ポリマー3,16433
水12,250680
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.014, 106.014, 305.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 24399.055 Da / 分子数: 1 / 変異: Q69L, L182A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 YRB1 isoform 1


分子量: 16320.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YRB1, GI526_G0000915 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5PZB5
#3: タンパク質 CRM1 isoform 1 / HLJ1_G0022020.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0022260.mRNA.1.CDS.1


分子量: 115224.461 Da / 分子数: 1
変異: S27E , Q49E, A51V, del377-413, del441-461, D537G, T539C, V540E, K541Q, S553R, Q561E, A741T, Y1022C
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CRM1, GI526_G0002640, PACBIOSEQ_LOCUS2878, PACBIOSEQ_LOCUS3002
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5PZI8

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非ポリマー , 9種, 713分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#11: 化合物 ChemComp-Q73 / (3~{S},5~{R},6~{E},8~{Z},10~{R},12~{E},14~{E},16~{S})-3,16-bis(azanyl)-8,10,12-trimethyl-16-[(2~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-5-methyl-4-oxidanyl-6-[(~{E})-prop-1-enyl]oxan-2-yl]-5-oxidanyl-hexadeca-6,8,12,14-tetraenoic acid


分子量: 490.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H46N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.12 M Monosaccharides (20 mM D-Glucose; 20 mM D-Mannose; 20 mM D-Galactose; 20 mM L-Fucose; 20 mM D-Xylose; 20 mM N-Acetyl-D-Glucosamine), 0.1 M buffer system 1 pH 6.5 (sodium HEPES and MOPS) ...詳細: 0.12 M Monosaccharides (20 mM D-Glucose; 20 mM D-Mannose; 20 mM D-Galactose; 20 mM L-Fucose; 20 mM D-Xylose; 20 mM N-Acetyl-D-Glucosamine), 0.1 M buffer system 1 pH 6.5 (sodium HEPES and MOPS), and 50 % Precipitant Mix 2 (40% v/v Ethylene glycol; 20 % w/v PEG 8000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 78260 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.343.80.56736470.2880.6690.310.6510.81595.4
2.34-2.384.30.55537880.3880.7480.2860.6280.84398.2
2.38-2.434.90.53838340.4820.8070.2580.5990.87199.4
2.43-2.485.70.52138420.5920.8620.230.5710.90799.6
2.48-2.536.90.48938950.750.9260.1960.5280.95499.9
2.53-2.598.50.47238690.8260.9510.1680.5020.9999.9
2.59-2.669.50.44138760.8770.9670.1470.4661.031100
2.66-2.7310.90.40238890.9080.9760.1240.4211.05299.9
2.73-2.8111.40.36738390.930.9820.110.3831.062100
2.81-2.911.50.32838980.950.9870.0990.3431.086100
2.9-311.30.28639180.9640.9910.0870.2991.07899.9
3-3.12120.24539030.9770.9940.0720.2561.05999.9
3.12-3.2611.90.20638830.9830.9960.0610.2151.04699.9
3.26-3.4412.40.17539350.9890.9970.0510.1821.058100
3.44-3.65120.14539500.9920.9980.0430.1511.026100
3.65-3.9312.40.12139290.9940.9990.0350.126199.9
3.93-4.3312.70.10439710.9950.9990.030.1080.975100
4.33-4.9512.50.09440010.9960.9990.0270.0980.964100
4.95-6.2412.40.140900.9950.9990.0290.1040.94999.9
6.24-5011.40.07443030.9970.9990.0230.0780.88399.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→47.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 7.417 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22418 3949 5.1 %RANDOM
Rwork0.18624 ---
obs0.18815 74217 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.963 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10697 0 195 680 11572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01211111
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01610727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1341.64515017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4111.57524692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.19151329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.01551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.532102017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.21722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022500
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8094.4035313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8094.4045314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4337.9066641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4337.9066642
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.494.8795798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4894.885799
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7548.7528377
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.89452.548107
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.88152.4547729
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 286 -
Rwork0.326 5148 -
obs--95.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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