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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8itq | ||||||
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タイトル | Terpene cyclase AriE mutant - D128A | ||||||
![]() | Terpene synthase | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Class I Terpene cyclase | ||||||
機能・相同性 | 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / lyase activity / metal ion binding / Terpene synthase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | He, J.Y. / Yang, Q. / Dong, L.B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of cis-eunicellane synthase AriE from Amycolatopsis arida 著者: Yang, Q. / He, J.Y. / Dong, L.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 424.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42459.113 Da / 分子数: 1 / 変異: D128A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SAMN05421810_102118 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.43 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1000mM Potassium sodium tartrate, 100mM Imidazole/Hydrochloric acid pH8.0, 200mM Sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97851 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.07→83.9 Å / Num. obs: 36523 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.07→2.13 Å / Num. unique obs: 2796 / CC1/2: 0.991 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: AlphaFold2 解像度: 2.07→36.77 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 17.79 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.07→36.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -12.1231 Å / Origin y: -28.7501 Å / Origin z: -18.0531 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |