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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ito | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FeRlp from Desulfovibrio vulgaris (Hildenborough) | ||||||
![]() | Rubredoxin | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / iron-sulfur cluster / metallo protein / monomer | ||||||
機能・相同性 | Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / iron ion binding / : / PHOSPHATE ION / Rubredoxin![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakatsuji, T. / Ogata, H. / Kitamura, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of FeRlp from Desulfovibrio vulgaris (Hildenborough) 著者: Nakatsuji, T. / Nishikawa, K. / Ogata, H. / Kitamura, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8561.743 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / VKM B-1760 / Hildenborough 遺伝子: rdl / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.27 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.5 M NaHPO4, 0.9 M K2HPO4, 0.8 M Potassium sodium tartrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年6月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→18.68 Å / Num. obs: 52024 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6 % / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.04 Å / Num. unique obs: 425 / Rpim(I) all: 0.207 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→18.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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