PDB-8itn: Crystal structure of USP47apo catalytic domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8itn

タイトル

Crystal structure of USP47apo catalytic domain

要素

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47

キーワード

HYDROLASE / inhibitor / ubiquitin specific protease

機能・相同性

機能・相同性情報

anterior/posterior axis specification, embryo / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Kim, E.E. / Shin, S.C.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structural and functional characterization of USP47 reveals a hot spot for inhibitor design.
著者: Shin, S.C. / Park, J. / Kim, K.H. / Yoon, J.M. / Cho, J. / Ha, B.H. / Oh, Y. / Choo, H. / Song, E.J. / Kim, E.E.

履歴

登録	2023年3月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8itn.cif.gz	433.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8itn.ent.gz	355.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8itn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8itn_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8itn_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8itn_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	8itn_validation.cif.gz	51.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/8itn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/8itn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8itpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47

C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47

ヘテロ分子

173 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47

ヘテロ分子

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47

C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.077, 58.908, 251.932
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.69, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47 / Ubiquitin thioesterase 47 / Ubiquitin-specific-processing protease 47 分子量: 57583.949 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: CELE_T05H10.1, T05H10.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q22240, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.71 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M imidazole-malate (pH 5.5) and 18% (v/v) PEG 4000 PH範囲: 4.5 - 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: 298 / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 41388 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 0.848 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 223996

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.69	2.2	0.291	7584	0.385	1	90.1
2.69-2.8	2.3	0.252	7696	0.428	1	92.1
2.8-2.93	2.5	0.21	7830	0.466	1	93.8
2.93-3.08	2.7	0.167	7880	0.549	1	95.1
3.08-3.28	2.9	0.137	8064	0.644	1	96.8
3.28-3.53	3.1	0.101	8086	0.848	1	98.1
3.53-3.88	2.9	0.101	6039	1.316	1	72.7
3.88-4.45	3.1	0.077	7999	1.38	1	96.5
4.45-5.6	3.4	0.059	8300	1.056	1	99
5.6-6.5	3.6	0.032	8250	0.917	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→35.5 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 26.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2694	2080	5.03 %
R_work	0.258	-	-
obs	0.2586	41388	96.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8326	0	2	104	8432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.503
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.113	3135
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	1236
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1499

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.65	0.3084	136	0.3084	2568	X-RAY DIFFRACTION	93
2.65-2.72	0.2882	135	0.288	2598	X-RAY DIFFRACTION	98
2.72-2.79	0.314	148	0.3049	2679	X-RAY DIFFRACTION	98
2.79-2.87	0.3343	126	0.3192	2615	X-RAY DIFFRACTION	98
2.87-2.97	0.3226	147	0.2891	2679	X-RAY DIFFRACTION	98
2.97-3.07	0.2986	134	0.2932	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
3.07-3.2	0.2972	150	0.2875	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2-3.34	0.3361	170	0.2964	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
3.34-3.52	0.2617	126	0.2617	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
3.52-3.74	0.3118	82	0.3118	1746	X-RAY DIFFRACTION	64
3.74-4.02	0.3025	139	0.2525	2634	X-RAY DIFFRACTION	97
4.03-4.43	0.2242	152	0.2242	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.43-5.07	0.2303	135	0.199	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
5.07-6.38	0.235	142	0.2337	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
6.38-7.5	0.2272	158	0.2133	2832	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8049	0.5379	-0.727	1.2339	-1.2319	2.8109	0.0707	0.8063	0.8488	-0.3983	-0.2789	-0.645	0.325	0.455	-0.2996	0.3139	0.1171	0.1871	0.4587	0.3368	0.6147	-2.228	9.0387	99.9266
2	1.2945	0.1603	0.22	4.053	-0.5665	2.3991	0.0437	0.3461	0.9625	-0.0438	-0.1284	-0.0111	-0.4536	0.0581	-0.5763	0.4261	0.017	-0.0157	0.3268	0.4211	0.8765	-14.3532	16.3315	98.5514
3	1.9066	-0.1491	-0.0063	2.0623	0.0807	1.5984	0.1242	0.3023	1.0307	-0.0929	-0.0702	0.152	-0.1105	0.087	0.0175	0.383	0.0902	0.074	0.3217	0.15	0.7029	-16.0141	12.7911	107.6635
4	3.0412	0.8576	-0.3336	1.4591	-0.8456	0.7608	0.0604	0.4282	-0.1311	-0.0968	-0.0188	-0.061	0.0642	-0.0391	-0.0087	0.2126	0.0679	-0.0414	0.119	-0.0673	0.3454	-16.8143	-9.7274	112.2286
5	1.5697	-0.3991	0.0385	2.3383	-1.2697	3.145	-0.0172	-0.22	0.1836	0.0107	-0.3328	-0.6237	0.1572	0.484	0.2199	0.2283	0.025	0.0286	0.265	0.0373	0.3978	-0.0467	-4.2913	108.1703
6	2.5238	-1.4163	0.1491	0.8956	-0.5624	3.7993	0.0906	-0.1842	0.1204	-0.6352	-0.1238	-0.0382	-0.6529	-0.4053	0.1923	0.6746	0.2112	-0.0311	0.4322	-0.0286	0.4024	-16.0871	6.4877	87.897
7	1.9849	0.8815	-0.5882	2.9333	0.143	1.6038	-0.1611	0.5963	-0.1793	0.2689	0.4136	-0.509	0.357	0.6731	-0.1495	0.7148	-0.0536	-0.0426	1.8295	-0.2253	0.5335	8.1458	3.3426	22.4561
8	2.2382	-0.1694	-0.9943	1.3197	1.0706	2.496	-0.0661	0.5482	0.1167	-0.0015	0.2284	0.144	0.1347	0.0974	0.0155	0.6651	-0.1891	-0.0133	1.4527	-0.0256	0.3762	-7.7855	6.5761	22.325
9	2.7794	0.0517	-0.8771	3.5446	-0.5529	3.9281	0.2144	0.4942	-0.2222	0.2325	0.2145	-0.4293	0.4364	0.7783	-0.3346	1.4132	0.3697	-0.1172	1.1307	-0.1106	0.5318	5.9341	-3.0151	65.8648
10	0.6912	0.2544	-0.1654	1.0175	0.4	0.4043	-0.0609	0.7505	-0.7422	0.9177	0.2319	0.0034	0.4198	0.109	-0.301	1.4599	-0.0909	0.0671	0.9687	-0.1035	0.7104	-18.366	-10.098	53.1304
11	1.4365	-0.2226	0.737	0.7786	0.4151	2.5207	-0.142	0.3409	-0.0094	0.3354	0.1365	0.0663	0.2052	0.2125	0.0461	1.0369	-0.0736	0.1523	0.7895	-0.027	0.4037	-11.1971	7.1681	58.5793

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 76 through 107 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 108 through 152 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 153 through 209 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 210 through 437 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 438 through 474 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 475 through 492 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 76 through 231 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 232 through 492 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 76 through 194 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 195 through 231 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 232 through 492 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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