PDB-8itd: Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a compound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8itd

タイトル

Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a compound

要素

Phosphoglycerate mutase 1

キーワード

ISOMERASE/INHIBITOR / ISOMERASE-INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

bisphosphoglycerate mutase /

bisphosphoglycerate mutase activity /

phosphoglycerate mutase activity / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) /

糖新生 / canonical glycolysis /

解糖系 /

糖新生 / secretory granule lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhou, L. / Jiang, L.L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a compound
著者: Zhou, L. / Jiang, L.L.

履歴

登録	2023年3月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8itd.cif.gz	121.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8itd.ent.gz	92.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8itd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/8itd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/8itd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8it5C 8it6C 8it7C 8it8C 8itbC 8itcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (10) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Phosphoglycerate mutase 1

C: Phosphoglycerate mutase 1

ヘテロ分子

60.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.544, 85.990, 101.383
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphoglycerate mutase 1 / / BPG-dependent PGAM 1 / Phosphoglycerate mutase isozyme B / PGAM-B 分子量: 29917.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGAM1, PGAMA, CDABP0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P18669, phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent), bisphosphoglycerate mutase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-QA3 / 4-(4-chloranyl-2-oxidanyl-phenyl)-2-[(4-phenylphenyl)sulfonylamino]benzoic acid 分子量: 479.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₁₈ClNO₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.09 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, 100mM MES 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 62285 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.137 / Χ²: 1.272 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 814191

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-1.92	13.1	0.778	6150	0.939	0.984	0.221	0.809	0.49	100
1.92-1.99	13.2	0.6	6140	0.949	0.987	0.17	0.624	0.535	100
1.99-2.08	12.5	0.423	6155	0.97	0.992	0.123	0.441	0.622	100
2.08-2.19	13.7	0.32	6150	0.981	0.995	0.089	0.332	0.716	100
2.19-2.33	13.5	0.243	6202	0.987	0.997	0.068	0.252	0.906	100
2.33-2.51	12.5	0.197	6180	0.988	0.997	0.058	0.205	1.149	99.9
2.51-2.76	13.7	0.166	6212	0.991	0.998	0.046	0.172	1.416	100
2.76-3.16	13.2	0.139	6251	0.992	0.998	0.04	0.144	1.923	100
3.16-3.99	13.1	0.113	6300	0.995	0.999	0.032	0.118	2.588	100
3.99-50	12.3	0.091	6545	0.996	0.999	0.027	0.095	2.342	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→26.21 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1972	2764	4.81 %
R_work	0.1735	-	-
obs	0.1747	57465	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3822	0	46	499	4367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3968
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.893	5385
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.143	552
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	563
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	697

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.93	0.2476	131	0.2109	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.97	0.2473	141	0.1949	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.01	0.2278	148	0.1814	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.2043	127	0.1808	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.09	0.2082	123	0.1765	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.14	0.2242	136	0.1744	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.19	0.2208	147	0.1809	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.25	0.2001	147	0.1668	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.32	0.1945	123	0.1705	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.39	0.199	117	0.173	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.48	0.2161	151	0.1762	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.58	0.2331	150	0.1811	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.7	0.2019	122	0.1795	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.84	0.1767	128	0.1728	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.01	0.2405	136	0.1853	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.25	0.1876	133	0.1835	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.57	0.2496	145	0.1832	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-4.09	0.1742	161	0.163	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-5.14	0.1472	153	0.1481	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
5.15-26.21	0.1959	145	0.1783	2919	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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