PDB-8itc: Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a compound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8itc

タイトル

Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a compound

要素

Phosphoglycerate mutase 1

キーワード

ISOMERASE/INHIBITOR / ISOMERASE-INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of pentose-phosphate shunt /

bisphosphoglycerate mutase /

bisphosphoglycerate mutase activity /

phosphoglycerate mutase activity / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) /

respiratory burst /

糖新生 / canonical glycolysis /

解糖系 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Zhou, L. / Jiang, L.L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a compound
著者: Zhou, L. / Jiang, L.L.

履歴

登録	2023年3月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8itc.cif.gz	120 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8itc.ent.gz	90.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8itc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/8itc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/8itc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8it5C 8it6C 8it7C 8it8C 8itbC 8itdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (10) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Phosphoglycerate mutase 1

C: Phosphoglycerate mutase 1

ヘテロ分子

61.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.388, 83.902, 103.828
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphoglycerate mutase 1 / / BPG-dependent PGAM 1 / Phosphoglycerate mutase isozyme B / PGAM-B 分子量: 29917.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGAM1, PGAMA, CDABP0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P18669, phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent), bisphosphoglycerate mutase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-QA0 / 5-(4-chlorophenyl)-3-[(4-phenylphenyl)sulfonylamino]phthalic acid 分子量: 507.942 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₁₈ClNO₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.98 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, 100mM MES 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 59389 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 0.717 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 782738

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.88-1.95	13.6	0.9	5854	0.882	0.968	0.252	0.935	0.452	100
1.95-2.03	13.5	0.616	5850	0.936	0.983	0.174	0.641	0.483	100
2.03-2.12	13.1	0.408	5879	0.969	0.992	0.116	0.425	0.542	100
2.12-2.23	12.3	0.288	5897	0.979	0.995	0.084	0.3	0.606	100
2.23-2.37	13.7	0.21	5876	0.989	0.997	0.058	0.219	0.693	100
2.37-2.55	13.6	0.159	5907	0.992	0.998	0.044	0.165	0.774	100
2.55-2.81	12.7	0.119	5928	0.994	0.999	0.034	0.124	0.816	99.9
2.81-3.21	13.6	0.089	5932	0.997	0.999	0.025	0.092	0.992	100
3.21-4.05	13	0.066	6035	0.998	1	0.019	0.068	1.021	100
4.05-50	12.6	0.048	6231	0.999	1	0.014	0.05	0.785	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→26.7 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2203	2836	4.79 %
R_work	0.1934	-	-
obs	0.1947	59160	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→26.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3782	0	83	381	4246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3975
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.98	5402
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.413	539
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	558
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	700

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.91	0.2692	137	0.2364	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.26	154	0.2398	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.2969	123	0.2453	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.03	0.3069	137	0.2361	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.07	0.2653	138	0.2208	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.12	0.1951	135	0.2047	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.17	0.2465	136	0.2137	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.23	0.2484	144	0.2087	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.29	0.2307	140	0.2086	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.37	0.2294	149	0.2105	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.45	0.2455	126	0.207	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.55	0.2258	114	0.2013	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.67	0.2466	157	0.2064	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.81	0.2287	141	0.1981	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.98	0.266	156	0.2031	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.21	0.2065	127	0.1978	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.54	0.2188	179	0.1959	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-4.05	0.2108	144	0.1716	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-5.09	0.169	127	0.1556	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
5.09-26.7	0.214	172	0.2017	2999	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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