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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8it4 | ||||||
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タイトル | Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a covalent inhibitor | ||||||
要素 | Phosphoglycerate mutase 1 | ||||||
キーワード | ISOMERASE/INHIBITOR / ISOMERASE-INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bisphosphoglycerate mutase / bisphosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase activity / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / 糖新生 / canonical glycolysis / 解糖系 / 糖新生 / secretory granule lumen ...bisphosphoglycerate mutase / bisphosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase activity / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / 糖新生 / canonical glycolysis / 解糖系 / 糖新生 / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / hydrolase activity / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, L. / Jiang, L.L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a covalent inhibitor 著者: Zhou, L. / Jiang, L.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8it4.cif.gz | 113.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8it4.ent.gz | 85 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8it4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/8it4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/8it4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7xb7C 7xb8C 7xb9C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29901.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGAM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P18669, phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent), bisphosphoglycerate mutase #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 化合物 | 分子量: 487.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H14ClNO7S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, 100mM MES6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 23052 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / CC1/2: 0.976 / CC star: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.287 / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.3 / Χ2: 0.577 / Net I/σ(I): 2.9 / Num. measured all: 260646 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→36.03 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.42 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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