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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8isa | ||||||
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タイトル | CrtMLIKE with one GsPP molecule | ||||||
要素 | CrtM | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Halobacillus halophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å | ||||||
データ登録者 | Park, J.Y. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CrtMLIKE with one GsPP molecule 著者: Park, J.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8isa.cif.gz | 79.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8isa.ent.gz | 56.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8isa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8isa_validation.pdf.gz | 666.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8isa_full_validation.pdf.gz | 668.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8isa_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8isa_validation.cif.gz | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/8isa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/8isa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32368.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Halobacillus halophilus (バクテリア) 遺伝子: crtM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9UXM0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GST / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris, 30% PEG 4000, 0.2M MgCl2, pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.59→29.97 Å / Num. obs: 34754 / % possible obs: 99.13 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 25.49 |
反射 シェル | 解像度: 1.5901→1.8563 Å / Rmerge(I) obs: 0.237 / Num. unique obs: 12766 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.59→29.97 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.59→29.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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