PDB-8is7: CrtMLIKE with two FsPP molecules.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8is7

タイトル

CrtMLIKE with two FsPP molecules.

要素

CrtM

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

carotenoid biosynthetic process / : / farnesyltranstransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Halobacillus halophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Park, J.Y.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CrtMLIKE with two FsPP molecules.
著者: Park, J.Y.

履歴

登録	2023年3月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8is7.cif.gz	84.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8is7.ent.gz	60.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8is7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8is7_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8is7_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8is7_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	8is7_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/8is7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/8is7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CrtM

ヘテロ分子

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CrtM

ヘテロ分子

A: CrtM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
66.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.338, 64.469, 171.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	CrtM 分子量: 32368.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Halobacillus halophilus (バクテリア) 遺伝子: crtM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9UXM0
#2: 化合物	ChemComp-FPS / S-[(2E,6E)-3,7,11-TRIMETHYLDODECA-2,6,10-TRIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / FARNESYL THIOPYROPHOSPHATE / チオピロりん酸ファルネシル分子量: 398.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₈O₆P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris, 30% PEG 4000, 0.2M MgCl2, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 36445 / % possible obs: 94.07 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 30.75
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / R_merge(I) obs: 0.303 / Num. unique obs: 1773

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→32.23 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2056	1914	5.47 %
R_work	0.1756	-	-
obs	0.1772	34979	94.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2212	0	43	517	2772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2303
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	3120
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.265	328
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	333
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	406

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.219	117	0.1878	2102	X-RAY DIFFRACTION	83
1.64-1.69	0.269	129	0.184	2142	X-RAY DIFFRACTION	88
1.69-1.73	0.2413	125	0.1808	2215	X-RAY DIFFRACTION	90
1.73-1.79	0.2262	136	0.1834	2285	X-RAY DIFFRACTION	91
1.79-1.85	0.2241	132	0.1864	2298	X-RAY DIFFRACTION	93
1.85-1.93	0.2643	133	0.1917	2310	X-RAY DIFFRACTION	94
1.93-2.02	0.222	137	0.1887	2348	X-RAY DIFFRACTION	95
2.02-2.12	0.2231	133	0.1782	2374	X-RAY DIFFRACTION	95
2.12-2.26	0.1957	143	0.1708	2431	X-RAY DIFFRACTION	97
2.26-2.43	0.2007	138	0.175	2432	X-RAY DIFFRACTION	97
2.43-2.67	0.199	144	0.1746	2453	X-RAY DIFFRACTION	98
2.67-3.06	0.2039	145	0.1841	2492	X-RAY DIFFRACTION	98
3.06-3.86	0.185	147	0.1579	2533	X-RAY DIFFRACTION	99
3.86-32.23	0.1892	155	0.1737	2650	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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