PDB-8is0: Carbon Sulfoxide lyase - Y106F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8is0

タイトル

Carbon Sulfoxide lyase - Y106F

要素

Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

キーワード

LYASE / Carbon Sulfoxide lyase / EgtE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lyases; Carbon-sulfur lyases / hercynylcysteine sulfoxide lyase activity (ergothioneine-forming) / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Gong, W.M. / Wei, L.L. / Liu, L.

資金援助

中国,

イスラエル, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure of mycobacterial ergothioneine-biosynthesis C-S lyase EgtE.
著者: Wei, L. / Liu, L. / Gong, W.

履歴

登録	2023年3月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8is0.cif.gz	153.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8is0.ent.gz	118.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8is0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8is0_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8is0_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8is0_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	8is0_validation.cif.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/8is0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/8is0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8irkC 8iryC 8irzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

B: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

ヘテロ分子

83.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

ヘテロ分子

A: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
83.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

ヘテロ分子

B: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.518, 173.275, 82.858
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.51, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-516- HOH

#1: タンパク質	Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase 分子量: 41330.645 Da / 分子数: 2 / 変異: Y106F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: egtE, MSMEG_6246, MSMEI_6085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R5M7, Lyases; Carbon-sulfur lyases
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DHA / 2-AMINO-ACRYLIC ACID / 2,3-DIDEHYDROALANINE / デヒドロアラニンタイプ: peptide linking / 分子量: 87.077 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.63 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES-Na, pH 7.5, 12% PEG 20000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→50 Å / Num. obs: 23776 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.912 / CC star: 0.977 / R_merge(I) obs: 0.186 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.201 / Χ²: 2.431 / Net I/σ(I): 3.6 / Num. measured all: 164337

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3-3.05	6.9	1.39	1192	0.687	0.902	0.564	1.502	0.465	99.9
3.05-3.11	6.9	1.209	1188	0.757	0.928	0.495	1.308	0.518	100
3.11-3.17	6.9	0.977	1199	0.778	0.936	0.4	1.057	0.54	99.8
3.17-3.23	6.8	0.733	1183	0.885	0.969	0.301	0.793	0.508	99.9
3.23-3.3	6.8	0.643	1209	0.912	0.977	0.266	0.697	0.528	99.5
3.3-3.38	6.7	0.666	1179	0.882	0.968	0.275	0.722	0.635	99.5
3.38-3.46	6.7	0.465	1184	0.943	0.985	0.193	0.504	0.584	99.5
3.46-3.56	6.7	0.356	1187	0.956	0.989	0.147	0.386	0.543	99.2
3.56-3.66	6.6	0.321	1171	0.955	0.988	0.133	0.348	0.857	98.2
3.66-3.78	6.4	0.279	1153	0.971	0.993	0.117	0.303	0.607	97.8
3.78-3.91	6	0.239	1201	0.973	0.993	0.104	0.261	1.061	98
3.91-4.07	5.5	0.159	1137	0.987	0.997	0.072	0.175	1.037	95
4.07-4.26	5.8	0.139	1156	0.979	0.995	0.061	0.152	1.695	98.2
4.26-4.48	7.2	0.138	1199	0.986	0.996	0.055	0.148	1.74	100
4.48-4.76	7.8	0.121	1211	0.985	0.996	0.046	0.129	1.578	100
4.76-5.13	7.7	0.119	1189	0.974	0.993	0.046	0.127	2.626	100
5.13-5.64	7.7	0.102	1189	0.992	0.998	0.039	0.11	1.395	100
5.64-6.46	7.7	0.102	1212	0.975	0.994	0.039	0.11	2.806	100
6.46-8.13	7.7	0.094	1210	0.965	0.991	0.036	0.1	4.653	100
8.13-50	7.5	0.148	1227	0.905	0.975	0.058	0.159	20.33	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.02→34.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 18.579 / SU ML: 0.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.867 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24047	1198	5 %	RANDOM
R_work	0.19695	-	-	-
obs	0.19915	22555	98.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.773 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.02→34.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5566	0	0	38	5604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	5683
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	5202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.201	1.629	7763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.417	1.544	12064
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.357	5	748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.332	10	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.699	10	828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	901
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6681
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.821	8.219	2998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.821	8.22	2998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.789	12.276	3744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.789	12.277	3745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.56	8.601	2685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.558	8.601	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.285	12.771	4019
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.543		6366
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.542		6365
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.02→3.098 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	84	-
R_work	0.329	1459	-
obs	-	-	86.15 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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