+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8is0 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Carbon Sulfoxide lyase - Y106F | |||||||||
Components | Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase | |||||||||
Keywords | LYASE / Carbon Sulfoxide lyase / EgtE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Lyases; Carbon-sulfur lyases / hercynylcysteine sulfoxide lyase activity (ergothioneine-forming) / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.02 Å | |||||||||
Authors | Gong, W.M. / Wei, L.L. / Liu, L. | |||||||||
Funding support | China, Israel, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2024 Title: Structure of mycobacterial ergothioneine-biosynthesis C-S lyase EgtE. Authors: Wei, L. / Liu, L. / Gong, W. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8is0.cif.gz | 153.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8is0.ent.gz | 118.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8is0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8is0_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8is0_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 8is0_validation.xml.gz | 28.8 KB | Display | |
Data in CIF | 8is0_validation.cif.gz | 39 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/8is0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/8is0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8irkC 8iryC 8irzC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 41330.645 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Y106F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (bacteria) Gene: egtE, MSMEG_6246, MSMEI_6085 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0R5M7, Lyases; Carbon-sulfur lyases #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.8 Å3/Da / Density % sol: 67.63 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1M HEPES-Na, pH 7.5, 12% PEG 20000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17B1 / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: May 16, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 23776 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.9 % / CC1/2: 0.912 / CC star: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.201 / Χ2: 2.431 / Net I/σ(I): 3.6 / Num. measured all: 164337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.02→34.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 18.579 / SU ML: 0.309 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 3.867 / ESU R Free: 0.371 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 80.773 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 3.02→34.36 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|