PDB-8irz: Carbon Sulfoxide lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8irz

タイトル

Carbon Sulfoxide lyase

要素

Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

キーワード

LYASE / Carbon Sulfoxide lyase / EgtE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lyases; Carbon-sulfur lyases / hercynylcysteine sulfoxide lyase activity (ergothioneine-forming) / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.86 Å

データ登録者

Gong, W.M. / Wei, L.L. / Liu, L.

資金援助

中国,

イスラエル, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure of mycobacterial ergothioneine-biosynthesis C-S lyase EgtE.
著者: Wei, L. / Liu, L. / Gong, W.

履歴

登録	2023年3月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8irz.cif.gz	152.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8irz.ent.gz	117 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8irz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8irz_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8irz_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8irz_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	8irz_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/8irz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/8irz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8irkC 8iryC 8is0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

B: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

ヘテロ分子

83.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

ヘテロ分子

A: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
83.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

ヘテロ分子

B: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.966, 174.395, 84.089
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.82, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-503- HOH

#1: タンパク質	Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase 分子量: 41346.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: egtE, MSMEG_6246, MSMEI_6085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R5M7, Lyases; Carbon-sulfur lyases
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.6 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M HEPES-Na, pH 7.5, 1M NaCl, 0.1M LiSO4, 10% PEG 1000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.86→50 Å / Num. obs: 29006 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 2.315 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.88-2.93	4.7	0.545	1459	0.833	0.953	0.278	0.614	0.477	99
2.93-2.98	4.7	0.473	1426	0.892	0.971	0.24	0.531	0.521	99.1
2.98-3.04	4.7	0.391	1464	0.904	0.975	0.2	0.441	0.54	99.7
3.04-3.1	4.7	0.345	1429	0.917	0.978	0.176	0.388	0.571	99.4
3.1-3.17	4.7	0.286	1421	0.942	0.985	0.146	0.322	0.642	99.3
3.17-3.24	4.6	0.246	1501	0.963	0.99	0.127	0.278	0.812	99.6
3.24-3.32	4.6	0.198	1413	0.975	0.994	0.102	0.223	0.879	99.3
3.32-3.41	4.3	0.181	1438	0.975	0.994	0.096	0.205	1.153	99.6
3.41-3.51	4.2	0.162	1459	0.978	0.994	0.087	0.185	1.321	99.1
3.51-3.63	4.7	0.136	1420	0.982	0.996	0.068	0.153	1.698	98.6
3.63-3.76	4.8	0.13	1429	0.986	0.996	0.064	0.145	2.081	99.8
3.76-3.91	4.8	0.115	1475	0.987	0.997	0.057	0.129	2.411	99.7
3.91-4.09	4.8	0.101	1435	0.991	0.998	0.05	0.113	3.359	99.7
4.09-4.3	4.7	0.095	1466	0.991	0.998	0.048	0.107	3.928	99.7
4.3-4.57	4.5	0.09	1458	0.99	0.997	0.046	0.102	4.686	99.9
4.57-4.92	4.2	0.081	1457	0.991	0.998	0.043	0.092	4.846	99.8
4.92-5.42	4.8	0.076	1455	0.994	0.998	0.038	0.085	4.248	99.9
5.42-6.2	4.7	0.066	1465	0.995	0.999	0.033	0.073	3.755	100
6.2-7.81	4.3	0.056	1462	0.995	0.999	0.03	0.064	4.294	99.7
7.81-50	4.3	0.047	1474	0.996	0.999	0.025	0.053	4.398	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.86→39.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 12.856 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.507 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20288	1433	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17094	-	-	-
obs	0.17247	27573	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.811 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0 Å²	-0.06 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.86→39.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5527	0	0	21	5548

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	5642
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.941	1.628	7723
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.329	1.544	11933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.168	5	748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.69	10	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.983	10	810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	901
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.79	8.453	2998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.79	8.454	2998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.967	12.662	3744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.966	12.663	3745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.056	8.919	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.048	8.921	2641
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.52	13.228	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.699		5934
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.698		5935
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.861→2.935 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	105	-
R_work	0.319	1871	-
obs	-	-	91.91 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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