PDB-8irk: Carbon Sulfoxide lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8irk

タイトル

Carbon Sulfoxide lyase

要素

Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lyases; Carbon-sulfur lyases / hercynylcysteine sulfoxide lyase activity (ergothioneine-forming) / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Gong, W.M. / Wei, L.L. / Liu, L.

資金援助

中国,

イスラエル, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure of mycobacterial ergothioneine-biosynthesis C-S lyase EgtE.
著者: Wei, L. / Liu, L. / Gong, W.

履歴

登録	2023年3月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8irk.cif.gz	291.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8irk.ent.gz	233.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8irk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8irk_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8irk_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8irk_validation.xml.gz	55.6 KB	表示
CIF形式データ	8irk_validation.cif.gz	77.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/8irk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/8irk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iryC 8irzC 8is0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

B: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

C: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

D: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

C: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
83.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

D: Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.314, 90.372, 101.531
Angle α, β, γ (deg.)	110.77, 105.95, 103.07
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase 分子量: 41378.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: egtE, MSMEG_6246, MSMEI_6085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R5M7, Lyases; Carbon-sulfur lyases
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.89 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M citric acid, pH 6.5, 15% PEG 8000, 15% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.34→50 Å / Num. obs: 95080 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 1.6 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.064 / Χ²: 0.801 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 154794

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.34-2.38	1.7	0.6	4659	0.688	0.903	0.6	0.848	0.444	92.5
2.38-2.42	1.6	0.472	4724	0.777	0.935	0.472	0.668	0.41	92.5
2.42-2.47	1.6	0.407	4757	0.823	0.95	0.407	0.576	0.466	93.4
2.47-2.52	1.6	0.317	4768	0.901	0.974	0.317	0.448	0.426	93.8
2.52-2.58	1.6	0.312	4760	0.858	0.961	0.312	0.441	0.492	92.6
2.58-2.64	1.6	0.282	4732	0.88	0.968	0.282	0.399	0.493	93.4
2.64-2.7	1.6	0.242	4732	0.91	0.976	0.242	0.342	0.472	93.5
2.7-2.77	1.6	0.192	4671	0.951	0.987	0.192	0.271	0.48	92.1
2.77-2.86	1.7	0.146	4832	0.959	0.989	0.146	0.206	0.486	94.4
2.86-2.95	1.7	0.118	4782	0.974	0.993	0.118	0.167	0.544	94
2.95-3.05	1.7	0.098	4847	0.968	0.992	0.098	0.138	0.94	94.7
3.05-3.18	1.7	0.074	4776	0.988	0.997	0.074	0.104	0.629	94.6
3.18-3.32	1.6	0.057	4821	0.992	0.998	0.057	0.081	0.753	94.2
3.32-3.5	1.6	0.047	4645	0.994	0.999	0.047	0.066	0.698	91.6
3.5-3.71	1.7	0.037	4865	0.995	0.999	0.037	0.052	0.765	95.1
3.71-4	1.7	0.031	4811	0.996	0.999	0.031	0.043	1.108	95.1
4-4.4	1.6	0.028	4740	0.996	0.999	0.028	0.039	1.275	93
4.4-5.04	1.6	0.025	4674	0.997	0.999	0.025	0.036	1.312	91.6
5.04-6.35	1.6	0.025	4846	0.996	0.999	0.025	0.036	1.456	95.2
6.35-50	1.6	0.025	4638	0.996	0.999	0.025	0.036	2.611	91.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→41.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 10.468 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24596	4786	5 %	RANDOM
R_work	0.19757	-	-	-
obs	0.2	90294	92.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.243 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.36 Å²	-0.08 Å²	0.08 Å²
2-	-	0.05 Å²	0.04 Å²
3-	-	-	0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.35→41.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11064	0	66	299	11429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	11365
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10746
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.769	1.631	15538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.348	1.568	24647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.351	5	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.064	20.56	571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.232	15	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.081	15	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	13088
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.541	5.296	5996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.539	5.296	5995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.491	7.94	7488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.491	7.941	7489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.003	5.719	5369
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.004	5.72	5366
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.243	8.433	8051
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.041	63.352	12252
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.046	63.345	12221
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.408 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	295	-
R_work	0.382	5838	-
obs	-	-	81.17 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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