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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8irk | |||||||||
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タイトル | Carbon Sulfoxide lyase | |||||||||
要素 | Probable hercynylcysteine sulfoxide lyase | |||||||||
キーワード | LYASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lyases; Carbon-sulfur lyases / hercynylcysteine sulfoxide lyase activity (ergothioneine-forming) / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Gong, W.M. / Wei, L.L. / Liu, L. | |||||||||
資金援助 | 中国, イスラエル, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Mycobacterial ergothioneine-biosynthesis C-S lyase EgtE 著者: Gong, W.M. / Wei, L.L. / Liu, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8irk.cif.gz | 291.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8irk.ent.gz | 233.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8irk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8irk_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8irk_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8irk_validation.xml.gz | 55.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8irk_validation.cif.gz | 77.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/8irk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/8irk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41378.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: egtE, MSMEG_6246, MSMEI_6085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R5M7, Lyases; Carbon-sulfur lyases #2: 化合物 | ChemComp-PLP / #3: 化合物 | ChemComp-PYR / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.89 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M citric acid, pH 6.5, 15% PEG 8000, 15% glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.34→50 Å / Num. obs: 95080 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 1.6 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 0.801 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 154794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→41.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 10.468 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.243 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.35→41.81 Å
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拘束条件 |
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