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- PDB-8ir9: XFEL structure of cyanobacterial photosystem II following one fla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ir9
タイトルXFEL structure of cyanobacterial photosystem II following one flash (1F) with a 30-microsecond delay
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 17
  • Cytochrome c-550
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PSII / photosystem II / XFEL
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / extrinsic component of membrane ...photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / extrinsic component of membrane / photosystem II / photosynthesis, light reaction / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthesis / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily ...Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosystem II protein D1 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Unknown ligand / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II reaction center protein Y / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II protein D1 / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein J
類似検索 - 構成要素
生物種Thermostichus vulcanus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Li, H. / Suga, M. / Shen, J.R.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP17H06434, JP22H04916 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Oxygen-evolving photosystem II structures during S 1 -S 2 -S 3 transitions.
著者: Li, H. / Nakajima, Y. / Nango, E. / Owada, S. / Yamada, D. / Hashimoto, K. / Luo, F. / Tanaka, R. / Akita, F. / Kato, K. / Kang, J. / Saitoh, Y. / Kishi, S. / Yu, H. / Matsubara, N. / Fujii, ...著者: Li, H. / Nakajima, Y. / Nango, E. / Owada, S. / Yamada, D. / Hashimoto, K. / Luo, F. / Tanaka, R. / Akita, F. / Kato, K. / Kang, J. / Saitoh, Y. / Kishi, S. / Yu, H. / Matsubara, N. / Fujii, H. / Sugahara, M. / Suzuki, M. / Masuda, T. / Kimura, T. / Thao, T.N. / Yonekura, S. / Yu, L.J. / Tosha, T. / Tono, K. / Joti, Y. / Hatsui, T. / Yabashi, M. / Kubo, M. / Iwata, S. / Isobe, H. / Yamaguchi, K. / Suga, M. / Shen, J.R.
履歴
登録2023年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02024年3月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation_author / entity / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _entity.pdbx_number_of_molecules ..._citation_author.identifier_ORCID / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _reflns.number_obs / _software.version / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
解説: Model completeness
詳細: Water A/514 has a double conformation, but was assigned with a single conformation in the previous model.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
X: Photosystem II reaction center protein X
Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
x: Photosystem II reaction center protein X
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
Z: Photosystem II reaction center protein Z
R: Photosystem II protein Y
z: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)724,492264
ポリマ－596,84939
非ポリマー127,643225
水32,8771825
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.750, 231.600, 288.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Photosystem II ... , 17種, 33分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuXxYy...

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 38235.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbA, psbA-1 / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P51765, photosystem II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56068.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbB / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWR1
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 49668.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbC / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWR7
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 38404.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbD / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWR8
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7227.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbH / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P19052
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4438.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbI / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12240
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 3974.712 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbJ / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7DGD4
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbK / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P19054
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbL / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12241
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 4009.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbM / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12312
#13: タンパク質 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / MSP / Extrinsic protein O of oxygen-evolving complex


分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbO / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWR2
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-Tc


分子量: 3906.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbT / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12313
#15: タンパク質 Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / PS II complex 12 kDa extrinsic protein / PSII-U


分子量: 11655.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbU / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P56152
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein X


分子量: 4191.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbX / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWR4
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: ycf12, psbY / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWR3
#19: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbZ / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWR5
#20: タンパク質・ペプチド Photosystem II protein Y


分子量: 3859.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbY / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P0DM37

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbE / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12238
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4936.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbF / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12239

-
タンパク質 , 1種, 2分子 Vv

#16: タンパク質 Cytochrome c-550 / Cytochrome c550 / Low-potential cytochrome c / Extrinsic protein V of oxygen-evolving complex


分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermostichus vulcanus (バクテリア)
遺伝子: psbV / 発現宿主: Thermostichus vulcanus (バクテリア) / 参照: UniProt: P0A387

-
糖 , 3種, 33分子

#33: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#35: 糖
ChemComp-HTG / heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / HEPTYL 1-THIOHEXOPYRANOSIDE / heptyl 1-thio-beta-D-glucoside / heptyl 1-thio-D-glucoside / heptyl 1-thio-glucoside / ヘプチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 294.408 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O5S / コメント: 可溶化剤*YM
#36: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 18種, 2017分子

#21: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#25: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#26: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#27: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#28: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#29: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 18 / 由来タイプ: 合成
#31: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#32: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#34: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#37: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#38: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#39: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#40: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#41: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1825 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6
詳細: 5.5% PEG1450, 20mM NaCl, 10mM CaCl2, 40mM MgSO4, 20mM Mes BUFFER

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.45 Å / Num. obs: 422596 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 402.1 % / CC1/2: 0.994 / R split: 0.07 / Net I/σ(I): 58.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Num. unique obs: 21214 / CC1/2: 0.586 / R split: 0.681

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
cctbx.xfelデータ削減
cxi.mergeデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.98 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1758 21144 5 %
Rwork0.1403 --
obs0.1421 422596 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41493 0 9317 1825 52635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00862789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27786155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.4224497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0578525
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00810230
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.220.37966560.340713262X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.250.33716990.310413351X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.280.33216830.288213236X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.310.30436580.274313367X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.340.30387020.256613300X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.370.28117270.243313247X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.40.27636770.22113302X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.440.25867160.215913339X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.480.2466720.205613283X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.520.23897140.18913330X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.560.22436600.176813320X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.610.22357440.168313260X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.660.2037060.155313318X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.710.19337110.146313336X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.770.19417080.139513304X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.830.19367180.135813337X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.910.18976970.13113332X-RAY DIFFRACTION100
2.91-2.980.17036950.122813393X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.070.17077130.119313344X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.170.16937010.116213386X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.280.16017190.116613371X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.410.1567160.113313395X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.570.15577190.108713379X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.760.15356850.111113424X-RAY DIFFRACTION100
3.76-3.990.14377380.111913417X-RAY DIFFRACTION100
3.99-4.290.1496920.117613477X-RAY DIFFRACTION100
4.29-4.720.13657250.114813463X-RAY DIFFRACTION100
4.72-5.390.1637090.12713582X-RAY DIFFRACTION100
5.39-6.750.17347300.144313643X-RAY DIFFRACTION100
6.75-19.980.16267540.147813954X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.9839 Å / Origin y: -14.8446 Å / Origin z: -24.5399 Å
111213212223313233
T0.435 Å2-0.0256 Å2-0.0212 Å2-0.3781 Å20.0172 Å2--0.3764 Å2
L0.0747 °2-0.0398 °2-0.0144 °2-0.2167 °20.0621 °2--0.2474 °2
S-0.0046 Å °-0.0123 Å °-0.0038 Å °0.0145 Å °0.0152 Å °-0.0139 Å °-0.0221 Å °0.0039 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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