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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ir6 | |||||||||
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タイトル | XFEL structure of cyanobacterial photosystem II following one flash (1F) with a 20-nanosecond delay | |||||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / PSII / photosystem II / XFEL | |||||||||
機能・相同性 | ![]() photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II ...photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Li, H. / Suga, M. / Shen, J.R. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Oxygen-evolving photosystem II structures during S 1 -S 2 -S 3 transitions. 著者: Li, H. / Nakajima, Y. / Nango, E. / Owada, S. / Yamada, D. / Hashimoto, K. / Luo, F. / Tanaka, R. / Akita, F. / Kato, K. / Kang, J. / Saitoh, Y. / Kishi, S. / Yu, H. / Matsubara, N. / Fujii, ...著者: Li, H. / Nakajima, Y. / Nango, E. / Owada, S. / Yamada, D. / Hashimoto, K. / Luo, F. / Tanaka, R. / Akita, F. / Kato, K. / Kang, J. / Saitoh, Y. / Kishi, S. / Yu, H. / Matsubara, N. / Fujii, H. / Sugahara, M. / Suzuki, M. / Masuda, T. / Kimura, T. / Thao, T.N. / Yonekura, S. / Yu, L.J. / Tosha, T. / Tono, K. / Joti, Y. / Hatsui, T. / Yabashi, M. / Kubo, M. / Iwata, S. / Isobe, H. / Yamaguchi, K. / Suga, M. / Shen, J.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 44.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 45.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 301.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 396 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ir5C ![]() 8ir7C ![]() 8ir8C ![]() 8ir9C ![]() 8iraC ![]() 8irbC ![]() 8ircC ![]() 8irdC ![]() 8ireC ![]() 8irfC ![]() 8irgC ![]() 8irhC ![]() 8iriC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Photosystem II ... , 17種, 33分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuXxYy...
#1: タンパク質 | 分子量: 38235.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbA, psbA-1 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 56068.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbB / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 49668.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbC / 発現宿主: ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 38404.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbD / 発現宿主: ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 7227.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbH / 発現宿主: ![]() #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4438.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbI / 発現宿主: ![]() #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3974.712 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbJ / 発現宿主: ![]() #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbK / 発現宿主: ![]() #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbL / 発現宿主: ![]() #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4009.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbM / 発現宿主: ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbO / 発現宿主: ![]() #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3906.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbT / 発現宿主: ![]() #15: タンパク質 | 分子量: 11655.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbU / 発現宿主: ![]() #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4191.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbX / 発現宿主: ![]() #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ycf12, psbY / 発現宿主: ![]() #19: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbZ / 発現宿主: ![]() #20: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3859.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbY / 発現宿主: ![]() |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbE / 発現宿主: ![]() #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4936.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbF / 発現宿主: ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 Vv
#16: タンパク質 | 分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: psbV / 発現宿主: ![]() |
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-糖 , 3種, 33分子 ![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/HTG.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
![](data/chem/img/HTG.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
#31: 糖 | ChemComp-LMT / #34: 糖 | ChemComp-HTG / #35: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 18種, 2017分子 ![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/OEX.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/OEX.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-CL / #23: 化合物 | ChemComp-CLA / #24: 化合物 | ChemComp-PHO / #25: 化合物 | ChemComp-BCR / #26: 化合物 | ChemComp-SQD / #27: 化合物 | ChemComp-GOL / #28: 化合物 | #29: 化合物 | ChemComp-PL9 / #30: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 #32: 化合物 | ChemComp-LHG / #33: 化合物 | ChemComp-LMG / #36: 化合物 | ChemComp-CA / #37: 化合物 | #38: 化合物 | #39: 化合物 | #40: 化合物 | #41: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 詳細: 5.5% PEG1450, 20mM NaCl, 10mM CaCl2, 40mM MgSO4, 20mM Mes BUFFER |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.24 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→47.45 Å / Num. obs: 422475 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 404.4 % / CC1/2: 0.995 / R split: 0.064 / Net I/σ(I): 56 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Num. unique obs: 21214 / CC1/2: 0.479 / R split: 0.7589 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.9802 Å / Origin y: -14.846 Å / Origin z: -24.5529 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |