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- PDB-8ir4: Crystal structure of the SLF1 BRCT domain in complex with a Rad18... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ir4
タイトルCrystal structure of the SLF1 BRCT domain in complex with a Rad18 peptide containing pS442
要素
  • SER-ASP-SER-CYS-ASN-SER-SEP-SER-SER-ASP-ILE-ILE-ARG-ASP-LEU-LEU-GLU
  • SMC5-SMC6 complex localization factor protein 1
キーワードGENE REGULATION / SLF1 / BRCT
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / Smc5-Smc6 complex / nuclear inclusion body / protein localization to site of double-strand break / chromatin looping / regulation of telomere maintenance / positive regulation of double-strand break repair / protein sumoylation / double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of protein-containing complex assembly ...positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / Smc5-Smc6 complex / nuclear inclusion body / protein localization to site of double-strand break / chromatin looping / regulation of telomere maintenance / positive regulation of double-strand break repair / protein sumoylation / double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of protein-containing complex assembly / nucleosome / site of double-strand break / chromosome, telomeric region / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / centrosome / protein-containing complex binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / SMC5-SMC6 complex localization factor protein 1 / TopBP1/SLF1, BRCT domain / Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. ...: / SMC5-SMC6 complex localization factor protein 1 / TopBP1/SLF1, BRCT domain / Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / SMC5-SMC6 complex localization factor protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Xiang, S. / Huang, W. / Qiu, F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071205 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870769 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into Rad18 targeting by the SLF1 BRCT domains.
著者: Huang, W. / Qiu, F. / Zheng, L. / Shi, M. / Shen, M. / Zhao, X. / Xiang, S.
履歴
登録2023年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMC5-SMC6 complex localization factor protein 1
B: SMC5-SMC6 complex localization factor protein 1
C: SER-ASP-SER-CYS-ASN-SER-SEP-SER-SER-ASP-ILE-ILE-ARG-ASP-LEU-LEU-GLU
D: SER-ASP-SER-CYS-ASN-SER-SEP-SER-SER-ASP-ILE-ILE-ARG-ASP-LEU-LEU-GLU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,24913
ポリマ－51,9144
非ポリマー3359
水9,890549
1
A: SMC5-SMC6 complex localization factor protein 1
C: SER-ASP-SER-CYS-ASN-SER-SEP-SER-SER-ASP-ILE-ILE-ARG-ASP-LEU-LEU-GLU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1367
ポリマ－25,9572
非ポリマー1805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area11980 Å2
手法PISA
2
B: SMC5-SMC6 complex localization factor protein 1
D: SER-ASP-SER-CYS-ASN-SER-SEP-SER-SER-ASP-ILE-ILE-ARG-ASP-LEU-LEU-GLU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1126
ポリマ－25,9572
非ポリマー1554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.421, 76.098, 141.371
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 SMC5-SMC6 complex localization factor protein 1 / Ankyrin repeat domain-containing protein 32 / BRCT domain-containing protein 1 / Smc5/6 localization factor 1


分子量: 24034.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLF1, ANKRD32, BRCTD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BQI6
#2: タンパク質・ペプチド SER-ASP-SER-CYS-ASN-SER-SEP-SER-SER-ASP-ILE-ILE-ARG-ASP-LEU-LEU-GLU


分子量: 1921.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 558分子

#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.3M MgCl2, 0.1M BIS-TRIS pH6.5, 22% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→35.34 Å / Num. obs: 55039 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.62→1.71 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.715 / Num. unique obs: 7782 / CC1/2: 0.741 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.62→29.6 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 2828 5.14 %
Rwork0.181 --
obs0.182 54968 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3426 0 15 549 3990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.408467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009582
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.650.27341310.24942485X-RAY DIFFRACTION96
1.65-1.680.25411380.22312507X-RAY DIFFRACTION95
1.68-1.710.2711570.21042556X-RAY DIFFRACTION98
1.71-1.750.24391580.21662539X-RAY DIFFRACTION97
1.75-1.780.22911320.20152569X-RAY DIFFRACTION98
1.78-1.830.24421400.20242572X-RAY DIFFRACTION97
1.83-1.870.24121460.20262575X-RAY DIFFRACTION98
1.87-1.920.24941260.20282579X-RAY DIFFRACTION97
1.92-1.980.26151410.19252595X-RAY DIFFRACTION99
1.98-2.040.20541620.19332573X-RAY DIFFRACTION97
2.04-2.120.2181300.18292640X-RAY DIFFRACTION98
2.12-2.20.21421400.1762601X-RAY DIFFRACTION99
2.2-2.30.19651310.18152640X-RAY DIFFRACTION98
2.3-2.420.19921160.17312593X-RAY DIFFRACTION97
2.42-2.570.19921510.18292618X-RAY DIFFRACTION99
2.57-2.770.23441460.18812664X-RAY DIFFRACTION99
2.77-3.050.20241530.18992676X-RAY DIFFRACTION99
3.05-3.490.20951200.16552688X-RAY DIFFRACTION98
3.49-4.40.16551540.14722710X-RAY DIFFRACTION99
4.4-29.60.23051560.17872760X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20770.27550.41683.02050.3572.65060.1566-0.04610.0844-0.47630.0416-0.1298-0.0092-0.2136-0.09370.14680.01240.01640.1020.02620.104111.3232-1.7863-25.4051
24.4436-1.5005-1.57754.30841.16233.155-0.16470.2261-0.0275-0.2450.2931-0.2203-0.05770.5136-0.08980.1477-0.01720.04950.20950.00180.146315.46472.3815-34.2434
30.1721-0.16230.21190.6148-0.5510.44310.0326-0.04020.0303-0.1225-0.0151-0.08570.09190.02830.04660.15160.00210.00160.1319-0.00520.134711.2848-6.3309-22.7369
41.0854-0.1755-0.42262.4883-0.38760.37690.05420.1387-0.0481-0.2933-0.03650.18530.1691-0.0549-0.00990.2246-0.0051-0.04130.2203-0.01050.15721.7018-7.297-32.0071
51.6192-0.6729-0.80821.66531.08773.1107-0.0801-0.0972-0.1366-0.02790.08890.2540.18-0.0526-0.04210.1583-0.0344-0.03780.1710.04070.1794-0.6558-15.4415-19.4023
61.8334-0.87190.64041.0828-0.34930.8692-0.10080.08890.14410.05020.0093-0.24590.00830.3845-0.00910.19460.0107-0.01460.25250.03770.155516.1881-17.9773-8.411
71.0406-0.2370.58250.8346-1.07451.6981-0.0452-0.26560.05510.1437-0.0358-0.1897-0.24240.07940.11030.1687-0.0076-0.0250.22130.01350.170517.43-13.4874-6.7121
81.79840.0717-0.37931.91220.3082.9616-0.0289-0.052-0.18040.0040.1295-0.30260.5485-0.112-0.03030.24840.0068-0.0020.2110.02210.221218.3869-29.1742-2.7555
91.2979-1.30311.27551.8708-1.32882.89060.0022-0.2138-0.3037-0.09550.13570.20470.3730.0792-0.10090.2133-0.0156-0.00560.19150.02530.1679.6214-24.7823-14.7888
102.0888-0.1938-0.07192.1293-0.20492.1685-0.0419-0.1427-0.04930.20150.15940.0220.0037-0.0655-0.08510.14160.00720.00890.15670.0090.125519.5123-27.0087-43.2729
111.0118-0.0782-0.13851.2296-0.25450.5690.0272-0.0075-0.01210.0925-0.00630.0284-0.0644-0.0196-0.00790.11560.00910.01110.1393-0.010.119117.1884-22.6179-49.6205
120.2354-0.4197-0.07952.9160.3011.1153-0.0385-0.36760.29560.55010.08680.3114-0.393-0.07720.06250.25640.04530.05260.2035-0.05060.2469.6026-7.5491-47.6581
131.5637-0.23260.03881.51580.96053.56360.01310.11080.0982-0.0359-0.05050.073-0.2043-0.16190.04350.12680.01420.01440.16020.01650.155712.6543-11.797-60.1559
140.91970.7575-0.07122.27050.8491.0376-0.16220.50720.0153-0.19930.1744-0.35360.00010.2502-0.11870.1091-0.01650.03610.25550.02690.21931.181-10.838-65.4186
150.9773-0.1096-0.50480.75010.27961.77250.19980.13840.1899-0.0801-0.0063-0.2884-0.04420.1809-0.14210.1206-0.00740.0620.24250.01990.24634.9084-11.9885-64.0174
162.73981.14180.30870.8272-0.58371.41380.3631-0.05571.2959-0.12850.2836-0.8183-0.72030.4126-0.00910.5958-0.23960.39560.33960.04171.197338.11572.532-66.8386
172.8764-0.6345-1.37953.45310.032.87390.0256-0.07470.223-0.01890.1142-0.0161-0.3948-0.0194-0.14460.21690.00660.02540.1407-0.00840.239422.0376-3.654-59.5744
182.64940.92221.5013.19450.17832.304-0.24060.33980.1252-0.5228-0.0913-0.87890.35640.60720.17710.20830.03060.05930.31510.0560.35523.2574-9.8722-27.7228
198.0773-5.7051-5.87894.50344.73164.9888-0.05970.3048-0.0060.1423-0.3956-0.86110.28910.20140.1760.45090.08120.02860.31030.01750.337322.5362-21.9124-21.1661
200.2326-0.1094-0.48580.05920.24271.02050.0334-0.3719-0.21440.8426-0.007-0.8021-0.42350.09210.03370.26-0.0387-0.11820.26210.01060.388829.9237-15.7563-42.6137
213.156-0.42861.30923.0611-1.16984.2766-0.1051-0.5210.50410.5333-0.2648-1.0464-1.03250.13370.27840.3995-0.0467-0.12860.23640.01320.553931.7023-5.1558-49.5475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 17 THROUGH 29 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 30 THROUGH 69 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 70 THROUGH 101 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 102 THROUGH 118 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 119 THROUGH 139 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 140 THROUGH 158 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 159 THROUGH 185 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 186 THROUGH 201 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 5 THROUGH 29 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 30 THROUGH 88 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 89 THROUGH 101 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 102 THROUGH 118 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 119 THROUGH 136 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 137 THROUGH 169 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'B' AND (RESID 170 THROUGH 188 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'B' AND (RESID 189 THROUGH 201 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'C' AND (RESID 437 THROUGH 445 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'C' AND (RESID 446 THROUGH 452 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'D' AND (RESID 438 THROUGH 445 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'D' AND (RESID 446 THROUGH 451 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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