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- PDB-8iqu: Structure of MtbFadD23 with PhU-AMS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iqu
タイトルStructure of MtbFadD23 with PhU-AMS
要素Fatty-acid-CoA ligase FadD23
キーワードLIGASE / long-chain-fatty-acid-AMP ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain-fatty-acid-CoA ligase / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / long-chain fatty acid-CoA ligase activity / lipid biosynthetic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Fatty acyl-AMP ligase /fatty acyl-CoA ligase / ANL, N-terminal domain / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-[(11-phenoxyundecanoyl)sulfamoyl]adenosine / Fatty-acid-CoA ligase FadD23 (Fatty-acid-CoA synthetase) (Fatty-acid-CoA synthase)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Yan, M.R. / Zhang, W.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81520108019 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100142 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171259 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the development of potential inhibitors targeting FadD23 from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Yan, M. / Ma, M. / Chen, R. / Cao, Y. / Zhang, W. / Liu, X.
履歴
登録2023年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty-acid-CoA ligase FadD23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8092
ポリマ－65,2021
非ポリマー6071
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.921, 72.921, 457.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Fatty-acid-CoA ligase FadD23


分子量: 65202.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: fadD_1, fadD, fadD_2, ERS007657_01090, ERS007661_00211, ERS007663_00248, ERS007665_00157, ERS007670_01303, ERS007679_02742, ERS007681_00438, ERS007703_00976, ERS007720_00031, ERS007722_ ...遺伝子: fadD_1, fadD, fadD_2, ERS007657_01090, ERS007661_00211, ERS007663_00248, ERS007665_00157, ERS007670_01303, ERS007679_02742, ERS007681_00438, ERS007703_00976, ERS007720_00031, ERS007722_00970, ERS027646_00328, ERS027661_00390, SAMEA2683035_00029
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0E8J579, 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの, long-chain-fatty-acid-CoA ligase
#2: 化合物 ChemComp-649 / 5'-O-[(11-phenoxyundecanoyl)sulfamoyl]adenosine


分子量: 606.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H38N6O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30 mM Tris (pH 8.5), 140 mM sodium citrate, 60 mM ammonium phosphate monobasic, 15% w/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, and 14% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 22577 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.21
反射 シェル解像度: 2.64→2.8 Å / Num. unique obs: 1613 / CC1/2: 0.941

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3600精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.64→48.65 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2458 1174 5.2 %
Rwork0.2032 --
obs0.2053 22577 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4155 0 42 69 4266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9815850
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.901602
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009757
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.64-2.760.34171330.30492586X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.910.34131750.26182561X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.090.30081360.25692605X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.330.27561420.25182654X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.660.28551480.21612615X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.190.24831340.18412677X-RAY DIFFRACTION100
4.19-5.280.21121510.16492743X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2021-0.08510.0083.03020.47292.59870.04450.2486-0.4127-0.30190.0348-0.12370.22770.0068-0.07890.3054-0.03180.00670.5373-0.09350.42835.6444-42.6926-11.8143
21.4734-0.2017-0.85922.74950.08861.7982-0.1059-0.2160.1837-0.23110.10410.11-0.2556-0.24430.00990.337-0.0122-0.06580.6366-0.05950.4117-3.8459-20.0093-11.6736
33.65891.3546-0.21945.36420.27964.9337-0.55320.1227-0.55970.6522-0.1980.46271.0583-0.39370.75810.73040.0010.25210.4697-0.11290.67520.9995-12.4187-33.2291
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 243 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 244 through 460 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 461 through 576 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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