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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iql | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structural basis of the specificity and interaction mechanism of Bmf binding to pro-survival proteins | ||||||||||||||||||
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![]() | APOPTOSIS / Complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Activation of BMF and translocation to mitochondria / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / myosin complex / anoikis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to UV / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process ...Activation of BMF and translocation to mitochondria / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / myosin complex / anoikis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to UV / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Wang, H. / Guo, M. / Wei, H. / Chen, Y. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the specificity and interaction mechanism of Bmf binding to pro-survival Bcl-2 family proteins. 著者: Wang, H. / Guo, M. / Wei, H. / Chen, Y. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 144.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8iqkC ![]() 8iqmC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19357.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3003.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.73 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M potassium thiocyanate, polyethylene glycol monomethyl ether 2,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9577→32.7868 Å / Num. obs: 30365 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.9577→3.063 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique obs: 1605 / CC1/2: 0.78 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9577→32.7868 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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