PDB-8iql: Structural basis of the specificity and interaction mechanism of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iql

タイトル

Structural basis of the specificity and interaction mechanism of Bmf binding to pro-survival proteins

要素

Apoptosis regulator Bcl-2
Bcl-2-modifying factor

キーワード

APOPTOSIS / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of BMF and translocation to mitochondria / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / anoikis / myosin complex / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to UV / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9577 Å

データ登録者

Wang, H. / Guo, M. / Wei, H. / Chen, Y.

資金援助

中国, 5件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81570537	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81974074	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82172654	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82273496	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31900880	中国

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the specificity and interaction mechanism of Bmf binding to pro-survival Bcl-2 family proteins.
著者: Wang, H. / Guo, M. / Wei, H. / Chen, Y.

履歴

登録	2023年3月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iql.cif.gz	144.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iql.ent.gz	114.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iql.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iql_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iql_full_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示
XML形式データ	8iql_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	8iql_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/8iql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/8iql	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iqkC 8iqmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Apoptosis regulator Bcl-2

D: Bcl-2-modifying factor

A: Apoptosis regulator Bcl-2

B: Bcl-2-modifying factor

44.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Apoptosis regulator Bcl-2

D: Bcl-2-modifying factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Apoptosis regulator Bcl-2

B: Bcl-2-modifying factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.743, 122.743, 86.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Apoptosis regulator Bcl-2 分子量: 19357.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	Bcl-2-modifying factor 分子量: 3003.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96LC9

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M potassium thiocyanate, polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9577→32.7868 Å / Num. obs: 30365 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 10.7 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.9577→3.063 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique obs: 1605 / CC_1/2: 0.78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
xia2		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9577→32.7868 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2262	3041	10.01 %
R_work	0.1888	-	-
obs	0.1925	30365	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9577→32.7868 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2541	0	0	0	2541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2641
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.57	3583
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.053	909
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.022	379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	460

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9577-3.0039	0.3587	150	0.3122	1277	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0039-3.0531	0.3658	132	0.3223	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0531-3.1057	0.3705	138	0.3115	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1057-3.1622	0.3074	144	0.3059	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1622-3.2229	0.3156	134	0.3063	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2229-3.2887	0.3649	143	0.2643	1201	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2887-3.3601	0.282	140	0.2561	1228	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3601-3.4382	0.3796	138	0.2521	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4382-3.5241	0.234	140	0.2402	1238	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5241-3.6192	0.2638	140	0.2209	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6192-3.7256	0.2322	142	0.2329	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7256-3.8457	0.234	138	0.194	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8457-3.9829	0.1893	136	0.1983	1223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9829-4.1421	0.2015	136	0.1708	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1421-4.3302	0.1764	134	0.1603	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3302-4.5579	0.1902	142	0.1607	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5579-4.8426	0.1997	134	0.1445	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8426-5.2152	0.1848	135	0.1461	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2152-5.7375	0.2067	146	0.1709	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7375-6.5619	0.2315	135	0.1866	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5619-8.2455	0.2456	136	0.1829	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2455-32.7868	0.1749	128	0.1394	1201	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.474	0.3916	0.1422	0.3168	0.181	0.5079	0.447	-0.5639	0.3421	-0.0688	-0.5167	0.8832	0.1129	-0.3731	0.0015	0.5366	-0.0294	0.0496	0.7222	-0.0029	0.7205	41.5344	175.8907	20.0076
2	0.2865	-0.1518	0.0698	0.0318	-0.102	0.1869	-0.1761	-0.427	-0.542	-0.084	0.4436	0.1987	-0.2341	-0.4723	0.0002	0.5692	-0.1109	0.0345	0.684	-0.0086	0.6483	45.5365	163.5817	16.7434
3	0.0278	0.0537	0.1004	0.2318	0.1556	0.2017	0.0674	-0.2641	0.5551	-0.1228	0.3631	-0.1497	0.0938	0.7745	0	0.466	-0.0807	-0.0208	0.733	-0.064	0.5997	59.501	171.1954	27.5978
4	2.7549	-0.4573	-0.4318	0.8034	0.2814	1.0741	0.1883	0.1541	0.1472	-0.1893	-0.1985	0.0377	-0.2664	0.1966	-0.0006	0.4715	-0.0403	0.0343	0.592	-0.0255	0.5685	52.1831	173.6994	16.3177
5	0.3713	0.0636	0.2303	0.014	0.0263	0.1213	0.0768	1.3357	-0.7182	-0.1285	0.2524	-0.2811	0.2165	0.335	0.0115	0.7543	0.0378	0.0556	0.7195	-0.0268	0.7821	56.6501	160.0289	13.5727
6	0.2646	0.1581	0.2238	0.1276	-0.0342	0.3402	-0.5061	1.7508	0.1697	-0.3062	0.3178	0.0487	0.1631	0.5791	-0.0014	0.8687	-0.3088	-0.015	1.0353	-0.1506	0.7634	29.4792	151.3145	5.7482
7	1.3559	0.7583	0.465	0.7317	0.4034	0.1863	-0.5164	0.3205	-0.1901	-0.3515	0.4266	0.1707	-0.0754	0.2993	0.0003	0.6871	-0.3156	-0.0294	0.9248	0.0311	0.7262	28.914	159.8984	8.661
8	0.199	-0.0924	-0.4701	0.7582	0.0875	1.0541	-0.4334	-0.1711	0.1637	-0.1498	0.6075	0.2354	-0.5359	-0.2337	-0.0002	0.5371	-0.1427	0.0075	0.9041	0.0861	0.6762	20.8414	159.182	12.973
9	0.5187	-0.1187	0.1347	1.6208	-1.2654	0.854	-0.3075	0.8044	-0.1558	-0.0812	0.1045	-0.0079	-0.0697	0.3618	0.0002	0.6523	-0.2414	-0.019	0.9255	-0.0423	0.5924	20.2297	152.396	7.914
10	0.0181	0.0248	0.0153	0.147	-0.1684	0.2159	0.0733	0.371	0.2959	-0.1202	0.6799	0.4277	0.2523	-0.3767	-0.0026	0.6842	-0.1883	-0.0798	1.0915	0.1874	0.9493	17.7942	168.9705	6.3923

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 9 through 90 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 91 through 116 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 117 through 137 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 138 through 204 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 31 through 49 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 9 through 26 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 27 through 125 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 126 through 163 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 164 through 204 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 31 through 49 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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