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- PDB-8iqe: Crystal structure of tetrameric K2-2 TSP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iqe
タイトルCrystal structure of tetrameric K2-2 TSP
要素K2-VCL6 TSP
キーワードHYDROLASE / bacteriophage / tailspike protein / Klebsiella pneumoniae K2
生物種Klebsiella phage VLC6 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Ye, T.J. / Huang, K.F. / Tu, I.F. / Lee, I.M. / Chang, Y.P. / Wu, S.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
National Science Council (NSC, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2024
タイトル: Klebsiella pneumoniae K2 capsular polysaccharide degradation by a bacteriophage depolymerase does not require trimer formation.
著者: Ye, T.J. / Fung, K.M. / Lee, I.M. / Ko, T.P. / Lin, C.Y. / Wong, C.L. / Tu, I.F. / Huang, T.Y. / Yang, F.L. / Chang, Y.P. / Wang, J.T. / Lin, T.L. / Huang, K.F. / Wu, S.H.
履歴
登録2023年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K2-VCL6 TSP
B: K2-VCL6 TSP
C: K2-VCL6 TSP
D: K2-VCL6 TSP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,85524
ポリマ－248,0134
非ポリマー1,84220
水37,2912070
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)232.876, 232.876, 102.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 16 through 87 or resid 89...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 16 through 87 or resid 89...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 16 through 87 or resid 89...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 16 through 87 or resid 89...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11TYRTYRALAALAAA16 - 8716 - 87
d_12METMETLEULEUAA89 - 11889 - 118
d_13ILEILESERSERAA120 - 166120 - 166
d_14LEULEUVALVALAA179 - 206179 - 206
d_15ASNASNARGARGAA213 - 231213 - 231
d_16GLYGLYLEULEUAA233 - 262233 - 262
d_17ILEILELEULEUAA268 - 372268 - 372
d_18LEULEUPROPROAA374 - 578374 - 578
d_19GOLGOLGOLGOLAK607
d_21TYRTYRALAALABB16 - 8716 - 87
d_22METMETLEULEUBB89 - 11889 - 118
d_23ILEILEARGARGBB120 - 231120 - 231
d_24GLYGLYLEULEUBB233 - 372233 - 372
d_25LEULEUPROPROBB374 - 578374 - 578
d_26GOLGOLGOLGOLBM601
d_31TYRTYRALAALACC16 - 8716 - 87
d_32METMETLEULEUCC89 - 11889 - 118
d_33ILEILESERSERCC120 - 166120 - 166
d_34LEULEUVALVALCC179 - 206179 - 206
d_35ASNASNARGARGCC213 - 231213 - 231
d_36GLYGLYLEULEUCC233 - 262233 - 262
d_37ILEILELEULEUCC268 - 372268 - 372
d_38LEULEUPROPROCC374 - 578374 - 578
d_39GOLGOLGOLGOLCR603
d_41TYRTYRALAALADD16 - 8716 - 87
d_42METMETLEULEUDD89 - 11889 - 118
d_43ILEILESERSERDD120 - 166120 - 166
d_44LEULEUARGARGDD179 - 231179 - 231
d_45GLYGLYLEULEUDD233 - 262233 - 262
d_46ILEILELEULEUDD268 - 372268 - 372
d_47LEULEUPROPRODD374 - 578374 - 578
d_48GOLGOLGOLGOLDW604

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.0528660250104, -0.000716422165805, -0.998601356968), (0.998092036938, 0.0319045446221, -0.0528619507094), (0.0318977930263, -0.999490663674, -0.000971611195159)-71.3784111728, 5.96243050295, -62.476137994
2given(0.444389106866, 0.581251779567, -0.68166317962), (0.789208043246, -0.614058424519, -0.00910580874153), (-0.423873785665, -0.533927541927, -0.731609454421)-36.9848191764, 9.96856916295, -42.372055886
3given(0.520970275707, 0.707519235695, -0.477500264871), (-0.670368579101, -0.00715194482864, -0.741993812535), (-0.528389950685, 0.706657895171, 0.47057271405)-22.5544687709, -49.9432063095, 30.6310659558

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要素

#1: タンパク質
K2-VCL6 TSP


分子量: 62003.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella phage VLC6 (ファージ) / 遺伝子: VLC6_58 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2070 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.89 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bicine pH 9.0, 10% PEG-4000, 10% polyacrylic acid 2100 sodium salt

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→30 Å / Num. obs: 166451 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 29.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.082 / Rsym value: 0.05 / Χ2: 0.922 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.17→2.25 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.825 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 16573 / CC1/2: 0.702 / Rpim(I) all: 0.417 / Rrim(I) all: 0.925 / Rsym value: 0.728 / Χ2: 0.908 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house model derived from MAD experiment

解像度: 2.17→29.56 Å / SU ML: 0.2019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.4662
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1978 7985 5.02 %
Rwork0.1683 150977 -
obs0.1698 158962 95.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→29.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16465 0 120 2070 18655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002516957
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.655723048
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04872601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042991
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.86242426
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.08824678148
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.46047356038
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.25736374987
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.190.2861070.24272805X-RAY DIFFRACTION52.87
2.19-2.220.24762040.24093386X-RAY DIFFRACTION64.99
2.22-2.250.2632360.23993914X-RAY DIFFRACTION75.15
2.25-2.280.25622280.2374344X-RAY DIFFRACTION82.8
2.28-2.310.26812380.2374797X-RAY DIFFRACTION91.15
2.31-2.340.27492940.22755071X-RAY DIFFRACTION97.07
2.34-2.370.24822470.2245246X-RAY DIFFRACTION99.08
2.37-2.410.24692660.21965240X-RAY DIFFRACTION99.76
2.41-2.440.26232970.21295252X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.480.27422800.21565241X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.530.26662940.215237X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.570.23192800.20595261X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.620.24652930.2015267X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.680.23182880.19825254X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.730.23672800.19815216X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.80.24322600.18985295X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.870.22482680.18265273X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.940.19862700.18085301X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.030.21482690.17485297X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.130.20172620.17375255X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.240.20542990.16545225X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.370.20572960.16115269X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.520.18452410.1535349X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.710.17432410.14345314X-RAY DIFFRACTION99.98
3.71-3.940.15673250.13985241X-RAY DIFFRACTION99.96
3.94-4.240.14662980.13055302X-RAY DIFFRACTION100
4.24-4.670.14642980.11375264X-RAY DIFFRACTION99.96
4.67-5.340.1392750.1265322X-RAY DIFFRACTION99.93
5.34-6.720.16952810.15955358X-RAY DIFFRACTION100
6.72-29.560.20452700.17515381X-RAY DIFFRACTION98.74
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -64.2404682432 Å / Origin y: -23.7412569257 Å / Origin z: -0.218977772078 Å
111213212223313233
T0.208547430111 Å2-0.0613296619317 Å2-0.0320451692309 Å2-0.23869638992 Å2-0.00548895876946 Å2--0.174826730887 Å2
L0.526410768637 °20.0292296616456 °2-0.147251668915 °2-0.424800304447 °20.0139825980296 °2--0.341817186115 °2
S-0.0390603219831 Å °0.00869259444118 Å °0.00918015584199 Å °-0.110196527116 Å °0.0305204342999 Å °0.12896131013 Å °0.0939268246184 Å °-0.138050300876 Å °0.00281364914348 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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