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- PDB-8iqc: Crystal structure of AsfvPrimPol N-terminal Prim/Pol domain in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iqc
タイトルCrystal structure of AsfvPrimPol N-terminal Prim/Pol domain in complex with Mn2+
要素Putative primase C962R
キーワードDNA BINDING PROTEIN / polymerase / primase / PrimPol
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on acid anhydrides / helicase activity / DNA replication / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Primase, C-terminal 2 / Primase C terminal 2 (PriCT-2) / Domain of unknown function DUF5906 / Family of unknown function (DUF5906) / Bacteriophage/plasmid primase, P4, C-terminal / D5 N terminal like / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Putative primase C962R
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus BA71V (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shao, Z.W. / Gan, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structures and implications of the C962R protein of African swine fever virus.
著者: Zhiwei Shao / Shichen Su / Jie Yang / Weizhen Zhang / Yanqing Gao / Xin Zhao / Yixi Zhang / Qiyuan Shao / Chulei Cao / Huili Li / Hehua Liu / Jinru Zhang / Jinzhong Lin / Jinbiao Ma / Jianhua Gan /
要旨: African swine fever virus (ASFV) is highly contagious and can cause lethal disease in pigs. Although it has been extensively studied in the past, no vaccine or other useful treatment against ASFV is ...African swine fever virus (ASFV) is highly contagious and can cause lethal disease in pigs. Although it has been extensively studied in the past, no vaccine or other useful treatment against ASFV is available. The genome of ASFV encodes more than 170 proteins, but the structures and functions for the majority of the proteins remain elusive, which hindered our understanding on the life cycle of ASFV and the development of ASFV-specific inhibitors. Here, we report the structural and biochemical studies of the highly conserved C962R protein of ASFV, showing that C962R is a multidomain protein. The N-terminal AEP domain is responsible for the DNA polymerization activity, whereas the DNA unwinding activity is catalyzed by the central SF3 helicase domain. The middle PriCT2 and D5_N domains and the C-terminal Tail domain all contribute to the DNA unwinding activity of C962R. C962R preferentially works on forked DNA, and likely functions in Base-excision repair (BER) or other repair pathway in ASFV. Although it is not essential for the replication of ASFV, C962R can serve as a model and provide mechanistic insight into the replicative primase proteins from many other species, such as nitratiruptor phage NrS-1, vaccinia virus (VACV) and other viruses.
履歴
登録2023年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative primase C962R
B: Putative primase C962R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9576
ポリマ－56,7372
非ポリマー2204
水2,936163
1
A: Putative primase C962R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4783
ポリマ－28,3691
非ポリマー1102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative primase C962R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4783
ポリマ－28,3691
非ポリマー1102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.424, 43.922, 87.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative primase C962R


分子量: 28368.506 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal Prim/Pol domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス)
遺伝子: BA71V-C962R, C962R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C5B022
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 25% PEG 3350 and 0.2 M Sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 44549 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 0.043 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.8630.45540720.762190.9
1.86-1.943.70.42343870.858197.8
1.94-2.034.20.33544280.909198.3
2.03-2.134.60.27844470.987199.4
2.13-2.275.20.21944751.074199.6
2.27-2.445.20.17145031.077199.7
2.44-2.695.60.12645030.968199.7
2.69-3.0860.10145220.908199.9
3.08-3.886.40.08645350.8621100
3.88-306.30.08646770.892199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2→29.55 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 28.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2772 1787 5.44 %
Rwork0.2438 --
obs0.2467 32825 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3523 0 4 163 3690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023606
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54888
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.282499
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041557
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004626
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.30851100.29552083X-RAY DIFFRACTION88
2.05-2.110.37941180.29052346X-RAY DIFFRACTION96
2.11-2.180.29831310.28562390X-RAY DIFFRACTION99
2.18-2.260.32181330.28912383X-RAY DIFFRACTION99
2.26-2.350.34231390.27832400X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.460.30931580.28112372X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.590.34931670.27442402X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.750.31811470.26752405X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.960.31171320.27632435X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.260.28431370.25422411X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.730.24061410.22292429X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.70.23051340.19612449X-RAY DIFFRACTION99
4.7-29.550.22291400.21022533X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -32.632 Å / Origin y: 25.1973 Å / Origin z: 20.6233 Å
111213212223313233
T0.1014 Å20.0056 Å2-0.0103 Å2-0.1595 Å2-0.0317 Å2--0.1339 Å2
L0.6247 °2-0.2066 °20.1008 °2-0.2744 °2-0.2006 °2--0.7033 °2
S0.0093 Å °0.2071 Å °-0.0972 Å °0.0606 Å °0.029 Å °0.054 Å °-0.07 Å °-0.3073 Å °-0.036 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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