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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iq9
タイトルCrystal structure of trimeric K2-2 TSP in complex with tetrasaccharide and octasaccharide
要素K2-2 TSP
キーワードHYDROLASE / bacteriophage / tailspike protein / Klebsiella pneumoniae K2
機能・相同性ACETYL GROUP
機能・相同性情報
生物種Klebsiella phage VLC6 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Ye, T.J. / Ko, T.P. / Huang, K.F. / Wu, S.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
National Science Council (NSC, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2024
タイトル: Klebsiella pneumoniae K2 capsular polysaccharide degradation by a bacteriophage depolymerase does not require trimer formation.
著者: Ye, T.J. / Fung, K.M. / Lee, I.M. / Ko, T.P. / Lin, C.Y. / Wong, C.L. / Tu, I.F. / Huang, T.Y. / Yang, F.L. / Chang, Y.P. / Wang, J.T. / Lin, T.L. / Huang, K.F. / Wu, S.H.
履歴
登録2023年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K2-2 TSP
B: K2-2 TSP
C: K2-2 TSP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,37628
ポリマ－194,4433
非ポリマー5,93325
水40,3542240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)204.405, 86.357, 103.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.212, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 15 through 83 or resid 85...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 15 through 83 or resid 85...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 15 through 83 or resid 85...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLUGLUGLYGLYAA15 - 8346 - 114
d_12ILEILESERSERAA85 - 96116 - 127
d_13ILEILEALAALAAA98 - 123129 - 154
d_14TYRTYRPHEPHEAA125 - 127156 - 158
d_15GLYGLYSERSERAA129 - 159160 - 190
d_16VALVALTYRTYRAA161 - 168192 - 199
d_17TYRTYRLEULEUAA170 - 183201 - 214
d_18GLYGLYARGARGAA185 - 231216 - 262
d_19GLYGLYLEULEUAA233 - 269264 - 300
d_110PHEPHEPHEPHEAA271 - 295302 - 326
d_111THRTHRCYSCYSAA297 - 317328 - 348
d_112GLYGLYASNASNAA319 - 354350 - 385
d_113ASNASNSERSERAA356 - 367387 - 398
d_114ASPASPGLUGLUAA369 - 388400 - 419
d_115GLUGLULEULEUAA390 - 412421 - 443
d_116ASNASNPROPROAA414 - 472445 - 503
d_117SERSERSERSERAA474 - 494505 - 525
d_118METMETLYSLYSAA496 - 577527 - 608
d_119BGCBGCBGCBGCDD1
d_120GLCGLCGLCGLCDD2
d_21GLUGLUGLYGLYBB15 - 8346 - 114
d_22ILEILESERSERBB85 - 96116 - 127
d_23ILEILEALAALABB98 - 123129 - 154
d_24TYRTYRPHEPHEBB125 - 127156 - 158
d_25GLYGLYSERSERBB129 - 159160 - 190
d_26VALVALTYRTYRBB161 - 168192 - 199
d_27TYRTYRLEULEUBB170 - 183201 - 214
d_28GLYGLYARGARGBB185 - 231216 - 262
d_29GLYGLYLEULEUBB233 - 269264 - 300
d_210PHEPHEPHEPHEBB271 - 295302 - 326
d_211THRTHRCYSCYSBB297 - 317328 - 348
d_212GLYGLYASNASNBB319 - 354350 - 385
d_213ASNASNSERSERBB356 - 367387 - 398
d_214ASPASPGLUGLUBB369 - 388400 - 419
d_215GLUGLULEULEUBB390 - 412421 - 443
d_216ASNASNPROPROBB414 - 472445 - 503
d_217SERSERSERSERBB474 - 494505 - 525
d_218METMETLYSLYSBB496 - 577527 - 608
d_219BGCBGCBGCBGCFF1
d_220GLCGLCGLCGLCFF2
d_31GLUGLUGLYGLYCC15 - 8346 - 114
d_32ILEILESERSERCC85 - 96116 - 127
d_33ILEILEALAALACC98 - 123129 - 154
d_34TYRTYRPHEPHECC125 - 127156 - 158
d_35GLYGLYSERSERCC129 - 159160 - 190
d_36VALVALTYRTYRCC161 - 168192 - 199
d_37TYRTYRLEULEUCC170 - 183201 - 214
d_38GLYGLYARGARGCC185 - 231216 - 262
d_39GLYGLYLEULEUCC233 - 269264 - 300
d_310PHEPHEPHEPHECC271 - 295302 - 326
d_311THRTHRCYSCYSCC297 - 317328 - 348
d_312GLYGLYASNASNCC319 - 354350 - 385
d_313ASNASNSERSERCC356 - 367387 - 398
d_314ASPASPGLUGLUCC369 - 388400 - 419
d_315GLUGLULEULEUCC390 - 412421 - 443
d_316ASNASNPROPROCC414 - 472445 - 503
d_317SERSERSERSERCC474 - 494505 - 525
d_318METMETLYSLYSCC496 - 577527 - 608
d_319BGCBGCBGCBGCHH1
d_320GLCGLCGLCGLCHH2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.679114078407, 0.39529662038, -0.618501940519), (-0.410496377439, -0.494006171969, -0.766453277223), (-0.608520166157, 0.774402017025, -0.173218715524)28.5310169932, 17.3294552743, 54.757640645
2given(0.686953385717, -0.408209643584, -0.601215379658), (0.379218624586, -0.504376061825, 0.775756419906), (-0.619909897178, -0.7609005685, -0.191682143763)20.5090216895, -44.3655364964, 40.7518187317

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 K2-2 TSP


分子量: 64814.355 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella phage VLC6 (ファージ) / 遺伝子: VLC6_58 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
糖 , 2種, 5分子

#2: 多糖 alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1343.108 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpAa1-3DManpb1-4DGlcpa1-3DGlcpb1-4[DGlcpAa1-3]DManpb1-4DGlcpa1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a2122A-1a_1-5]/1-2-3-4-1-2-3-4/a3-b1_b4-c1_c3-d1_c4-e1_e3-f1_f4-g1_g3-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-GlcpA]{}[(4+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-GlcpA]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 680.561 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpAa1-3DManpb1-4DGlcpa1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a2122A-1a_1-5]/1-2-3-4/a3-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-GlcpA]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 2260分子

#4: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bicine pH 9.0, 22 % PEG-6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2022年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→30 Å / Num. obs: 230579 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 16.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.065 / Rsym value: 0.034 / Χ2: 1.391 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.579 / Num. unique obs: 22985 / CC1/2: 0.762 / CC star: 0.93 / Rpim(I) all: 0.348 / Rrim(I) all: 0.677 / Rsym value: 0.49 / Χ2: 1.105 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8IQ5

8iq5


解像度: 1.58→26.95 Å / SU ML: 0.1362 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.9748
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1729 2000 0.87 %
Rwork0.1434 228557 -
obs0.1436 230557 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→26.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12558 0 398 2240 15196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008713300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.034918066
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07162124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.94824674
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.712955558752
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.05962349061
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.620.22181400.2116057X-RAY DIFFRACTION98.49
1.62-1.660.23831430.197716329X-RAY DIFFRACTION99.98
1.66-1.710.23321420.185916206X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.770.19151430.175316317X-RAY DIFFRACTION99.99
1.77-1.830.18741420.160216284X-RAY DIFFRACTION99.99
1.83-1.90.19781420.151216270X-RAY DIFFRACTION99.99
1.9-1.990.2041440.148816384X-RAY DIFFRACTION99.98
1.99-2.090.1561430.144316284X-RAY DIFFRACTION99.94
2.09-2.230.18261420.137616275X-RAY DIFFRACTION99.97
2.23-2.40.181430.139116387X-RAY DIFFRACTION99.98
2.4-2.640.18951430.14216337X-RAY DIFFRACTION99.99
2.64-3.020.1751430.142516349X-RAY DIFFRACTION99.9
3.02-3.80.13731440.127216468X-RAY DIFFRACTION99.93
3.8-26.950.15391460.13116610X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0475311427493-0.0943812415122-0.07237405991220.3948389820660.1775494649980.183242844983-0.00774088055011-0.0851895670140.08680342748060.07893173253040.0470565989643-0.426272098370.02963078772840.2395204089820.01637707128810.1893075470730.01289887337730.03432399009960.1399113842420.01298655137380.19620889389863.3248040799-11.2174971513-6.19536897122
20.549819088702-0.112581393405-0.2505593019230.2381132512050.06528740101040.305008070010.01284083231730.01725659348720.0455210033701-0.0515543669196-0.007065002844150.01445051415-0.00451259473391-0.0282879521813-8.31198870982E-60.121367457551-0.00128133512009-0.02221383729850.08565032666110.004529874363240.096975196105125.2239897076-3.5008527422210.8249236056
30.44059886448-0.00245442890786-0.01279314897710.449526829270.1553799879080.2221778103610.0268885268076-0.0869522141187-0.05748683034060.0475794826214-0.03954819254210.161604288272-0.046560286214-0.0752118768373-2.00620578688E-50.1551454186990.02426415012720.0267299513930.214437116207-0.01683214728230.238007735261-12.899596889312.304024461837.5905937771
40.1757349654380.08528911485960.04679313310290.04625459723590.06172602916770.2464029742010.0571312000275-0.0722626810064-0.1242445740570.0532769599178-0.05571255455740.1023484640960.0321407593583-0.0180683557836-4.78678133528E-60.1507867625840.01715277690940.02398344057310.193230149469-0.01792991891880.196406566844-5.6616143920410.828042620738.4033712686
50.08158163930320.0006482413757610.006981479823570.223230629669-0.1461531226470.125050038151-0.03328294292690.229144733737-0.116112102922-0.331526578303-0.0813085472569-0.1786946043590.1681065235520.241715268593-0.002834503304370.192215768256-0.007732679685780.01518544421840.2261494742580.04456436369020.2033916931371.13298500171.803391320228.81545127909
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 15 through 50 )AA15 - 501 - 36
22chain 'A' and (resid 51 through 430 )AA51 - 43037 - 416
33chain 'A' and (resid 431 through 533 )AA431 - 533417 - 519
44chain 'A' and (resid 534 through 579 )AA534 - 579520 - 565
55chain 'B' and (resid 15 through 50 )BB15 - 501 - 36
66chain 'B' and (resid 51 through 430 )BB51 - 43037 - 416
77chain 'B' and (resid 431 through 577 )BB431 - 577417 - 563
88chain 'C' and (resid 15 through 50 )CC15 - 501 - 36
99chain 'C' and (resid 51 through 386 )CC51 - 38637 - 372
1010chain 'C' and (resid 387 through 430 )CC387 - 430373 - 416
1111chain 'C' and (resid 431 through 533 )CC431 - 533417 - 519
1212chain 'C' and (resid 534 through 579 )CC534 - 579520 - 565

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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