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- PDB-8ipz: Crystal structure of insulin detemir -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ipz
タイトルCrystal structure of insulin detemir
要素
  • Insulin A chain
  • Insulin B chain
キーワードHORMONE / insulin / detemir / Turkish light source
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of feeding behavior / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst ...negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of feeding behavior / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst / negative regulation of acute inflammatory response / Regulation of gene expression in beta cells / alpha-beta T cell activation / positive regulation of dendritic spine maintenance / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / activation of protein kinase B activity / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of glycogen biosynthetic process / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of lipid catabolic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / Insulin receptor recycling / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of brown fat cell differentiation / NPAS4 regulates expression of target genes / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / neuron projection maintenance / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / positive regulation of D-glucose import / insulin receptor binding / positive regulation of cell differentiation / Regulation of insulin secretion / wound healing / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of neuron projection development / hormone activity / regulation of synaptic plasticity / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / cognition / vasodilation / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / cell-cell signaling / regulation of protein localization / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / protease binding / secretory granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENOL / MYRISTIC ACID / Insulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者DeMirci, H. / Ayan, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of insulin detemir
著者: DeMirci, H. / Ayan, E.
履歴
登録2023年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
E: Insulin A chain
F: Insulin B chain
G: Insulin A chain
H: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,56024
ポリマ－22,8668
非ポリマー1,69316
水3,909217
1
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
ヘテロ分子

A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
ヘテロ分子

A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,83936
ポリマ－34,29912
非ポリマー2,54024
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area22880 Å2
ΔGint-805 kcal/mol
Surface area11160 Å2
手法PISA
2
E: Insulin A chain
F: Insulin B chain
G: Insulin A chain
H: Insulin B chain
ヘテロ分子

E: Insulin A chain
F: Insulin B chain
G: Insulin A chain
H: Insulin B chain
ヘテロ分子

E: Insulin A chain
F: Insulin B chain
G: Insulin A chain
H: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,83936
ポリマ－34,29912
非ポリマー2,54024
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area25330 Å2
ΔGint-799 kcal/mol
Surface area11720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.874, 78.874, 79.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-102-

ZN

21B-103-

CL

31D-102-

ZN

41D-103-

CL

51F-102-

ZN

61F-103-

CL

71H-102-

ZN

81H-103-

CL

91B-230-

HOH

101F-223-

HOH

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質・ペプチド
Insulin A chain / Small chain


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド
Insulin B chain


分子量: 3332.849 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01308

-
非ポリマー , 5種, 233分子

#3: 化合物
ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル


分子量: 94.111 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M sodium acetate trihydrate, 0.1M TRIS hydrochloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→22.77 Å / Num. obs: 36231 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 1 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.91
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 2608 / CC1/2: 0.21

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→22.77 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 28.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 2003 6.17 %
Rwork0.1921 --
obs0.1945 32445 89.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→22.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1592 0 96 217 1905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.482306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.449630
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.109244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.440.40131160.36811733X-RAY DIFFRACTION71
1.44-1.470.34971230.33231833X-RAY DIFFRACTION76
1.47-1.520.37551330.29771891X-RAY DIFFRACTION78
1.52-1.570.32261270.25831967X-RAY DIFFRACTION82
1.57-1.620.27521380.23032083X-RAY DIFFRACTION84
1.62-1.690.28661430.21732121X-RAY DIFFRACTION88
1.69-1.760.2491390.20442197X-RAY DIFFRACTION91
1.76-1.860.24831510.19112263X-RAY DIFFRACTION93
1.86-1.970.21811460.18032318X-RAY DIFFRACTION95
1.97-2.130.21591590.1732400X-RAY DIFFRACTION98
2.13-2.340.22461550.18272364X-RAY DIFFRACTION99
2.34-2.680.21131590.18662425X-RAY DIFFRACTION99
2.68-3.370.221540.18592420X-RAY DIFFRACTION100
3.37-100.19291600.16082427X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.14690.47311.1778.2339-2.79299.520.0057-0.1674-0.11410.4599-0.01690.3575-0.0442-0.451-0.15290.1567-0.02170.00270.2584-0.02570.1604-15.41680.231512.8916
22.62650.99543.875.99253.0116.29020.1545-0.2619-0.16870.4049-0.0809-0.14840.2685-0.2148-0.0680.1502-0.0336-0.01380.22080.01020.1601-11.7449-5.689413.1315
34.40590.07370.06299.031-1.95973.71830.2151-0.46960.3788-0.21440.06210.64280.2219-0.5763-0.28920.1025-0.0632-0.01460.20890.01930.1726-18.7871-5.80483.9747
43.23691.82261.15383.71831.30052.36680.04-0.00950.0432-0.0361-0.05490.08440.0047-0.1220.00640.1313-0.00170.01170.11520.01890.1037-9.80330.37864.0528
51.8553-0.4113-0.26686.56463.84233.0199-0.1518-1.07220.40250.0489-0.04260.8986-0.1043-0.75480.26220.16180.02710.01780.3627-0.03050.2613-17.01626.02574.4034
62.80891.1999-0.19834.33341.83735.28020.16130.27850.3173-0.7817-0.24550.1467-0.34370.03370.04940.23610.07070.00650.2210.04890.1615-8.698311.0638-13.2954
74.6161.0495-4.10964.3055-2.25695.35520.3178-0.35840.53390.5679-0.33810.2166-0.74510.5819-0.18180.17260.02410.01030.1785-0.00140.1884-11.39516.2792-4.1011
82.9004-1.0518-1.29035.66122.53773.65150.0156-0.0074-0.03320.0171-0.06120.04710.0356-0.09240.08850.0947-0.0002-0.00580.07790.02320.063-7.69715.6801-4.1361
92.59152.52221.08724.43873.6193.98320.10430.57680.06-0.3553-0.48841.1038-0.0175-0.84010.58610.28650.0363-0.07120.3193-0.01210.2164-15.89625.6759-5.8549
104.1981-0.136-1.42441.42290.8644.6999-0.163-0.4883-0.35840.2950.059-0.10370.34130.00620.11940.26030.1173-0.01770.30660.01750.1777-28.568414.0455-0.5186
114.40182.38711.53554.96142.40433.7635-0.17310.1165-0.20920.19170.0591-0.17730.31320.40820.04660.21140.0973-0.01870.21620.02640.2182-23.259311.2403-9.2653
126.0755-0.8607-2.01593.81471.0193.9689-0.1539-0.1823-0.12320.19410.0868-0.01450.27870.05120.04730.0904-0.01-0.02540.07460.02080.072-33.821614.5711-9.2747
132.37011.4470.44751.5349-0.86692.0429-0.3949-1.001-0.99811.33490.4798-0.40341.26960.30230.02060.60180.12610.04080.32140.14210.1627-34.43485.565-8.6485
146.7494-1.1244-2.19581.7846-0.63654.0989-0.24090.3435-0.2835-0.26730.0810.20030.1375-0.01410.19390.1912-0.0153-0.00950.13280.00640.1343-42.89749.1013-26.6424
156.0441-3.59371.14537.3758-2.27167.5052-0.2632-0.0765-0.83460.0337-0.00370.21650.24-1.0295-0.17950.1483-0.03290.03210.10690.03050.1759-45.974.0976-17.5919
163.94631.3851-2.00753.0736-1.82355.8988-0.0986-0.0058-0.02770.0340.0656-0.01490.102-0.07460.050.08560.0056-0.00490.0532-0.00670.0893-39.506613.2571-17.4915
176.79440.4835-1.72862.6464-1.12642.2197-0.20860.4979-0.6378-0.694-0.0705-0.40460.51570.1440.6460.30730.01460.03070.1553-0.04940.1773-34.71866.3062-18.9435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 6 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 7 through 12 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 13 through 21 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 22 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 23 through 29 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 12 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 13 through 21 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 1 through 22 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 23 through 29 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 1 through 12 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 13 through 21 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 1 through 22 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 23 through 29 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 1 through 12 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 13 through 21 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 1 through 22 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 23 through 29 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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