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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ipf | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of an ankyrin protein that can specifically recognize a parallel G-quadruplex | |||||||||
要素 | DARPin (2E4) | |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / G-quadruplex / parallel / DNA | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å | |||||||||
データ登録者 | Ngo, K.H. / Liew, C.W. / Heddi, B. / Phan, A.T. | |||||||||
資金援助 | シンガポール, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024 タイトル: Structural Basis for Parallel G-Quadruplex Recognition by an Ankyrin Protein. 著者: Ngo, K.H. / Liew, C.W. / Heddi, B. / Phan, A.T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ipf.cif.gz | 200.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ipf.ent.gz | 160.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ipf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ipf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ipf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14864.692 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 6% v/v ethylene glycol, 0.1 M citric acid pH 3.5, 10% w/v polyethylene glycol 6,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→49.25 Å / Num. obs: 62810 / % possible obs: 99.12 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 28.98 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 12.83 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.082 Å / Num. unique obs: 6229 / CC1/2: 0.97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→49.25 Å / SU ML: 0.1695 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.9907 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.01→49.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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