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- PDB-8ip1: Escherichia coli OpgD mutant-D388N with beta-1,2-glucan -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ip1
タイトルEscherichia coli OpgD mutant-D388N with beta-1,2-glucan
要素Glucans biosynthesis protein D
キーワードHYDROLASE / Beta-1 / 2-glucanase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucan biosynthetic process / glucan biosynthetic process / catalytic activity / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Glucan biosynthesis, MdoD / Glucan biosynthesis, periplasmic, MdoG C-terminal / Glucan biosynthesis protein MdoG/MdoD / Periplasmic glucan biosynthesis protein, MdoG / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Glucans biosynthesis protein D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Motouchi, S. / Nakajima, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Identification of enzymatic functions of osmo-regulated periplasmic glucan biosynthesis proteins from Escherichia coli reveals a novel glycoside hydrolase family.
著者: Motouchi, S. / Kobayashi, K. / Nakai, H. / Nakajima, M.
履歴
登録2023年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucans biosynthesis protein D
B: Glucans biosynthesis protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,0907
ポリマ－127,8002
非ポリマー4,2905
水10,196566
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14280 Å2
ΔGint84 kcal/mol
Surface area39660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.092, 87.099, 110.853
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.132, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glucans biosynthesis protein D


分子量: 63899.949 Da / 分子数: 2 / 変異: D388N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: opgD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40120

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1801.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,11,10/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1/a2-b1_b2-c1_c2-d1_d2-e1_e2-f1_f2-g1_g2-h1_h2-i1_i2-j1_j2-k1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2125.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,13,12/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1/a2-b1_b2-c1_c2-d1_d2-e1_e2-f1_f2-g1_g2-h1_h2-i1_i2-j1_j2-k1_k2-l1_l2-m1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 569分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MMT (pH 4.0), PEG1500, Beta-1,2-glucan

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→47.74 Å / Num. obs: 66585 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.06→2.11 Å / Num. unique obs: 4130 / CC1/2: 0.697

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→47.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.198 / WRfactor Rwork: 0.155 / Average fsc free: 0.9129 / Average fsc work: 0.9237 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.177 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 3252 4.886 %
Rwork0.1751 63310 -
all0.178 --
obs-66562 99.212 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.845 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.061 Å20 Å2-1.133 Å2
2--2.574 Å2-0 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→47.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8157 0 290 566 9013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0138714
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.0157899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.711856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.1381.62518145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.46651001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.7921.36500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.956151337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.371568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029611
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.022149
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21425
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2160.27644
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.24110
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.1270.24098
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2637
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0950.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.110.219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2640.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1470.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4932.2824016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4912.2814015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1923.4155013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1923.4165014
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0242.4814698
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0242.4824699
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1593.6326843
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1593.6326844
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.32126.1159534
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.33726.1139535
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.1140.2892110.2574341X-RAY DIFFRACTION92.7654
2.114-2.1710.2762120.2274579X-RAY DIFFRACTION98.8854
2.171-2.2340.262450.2054449X-RAY DIFFRACTION99.8086
2.234-2.3030.2572010.1884319X-RAY DIFFRACTION99.9116
2.303-2.3790.2522160.1844194X-RAY DIFFRACTION99.932
2.379-2.4620.2492090.1864028X-RAY DIFFRACTION99.9057
2.462-2.5550.2341980.1723966X-RAY DIFFRACTION99.928
2.555-2.6590.2242040.1743721X-RAY DIFFRACTION99.8474
2.659-2.7770.2211960.1733631X-RAY DIFFRACTION99.9739
2.777-2.9130.2241890.1693456X-RAY DIFFRACTION99.9452
2.913-3.070.2161480.1723307X-RAY DIFFRACTION99.8266
3.07-3.2560.241830.1823070X-RAY DIFFRACTION99.9386
3.256-3.4810.2491570.1832949X-RAY DIFFRACTION99.8393
3.481-3.7590.2271580.1742693X-RAY DIFFRACTION99.8949
3.759-4.1180.1851350.1552520X-RAY DIFFRACTION99.6248
4.118-4.6030.1821190.1352275X-RAY DIFFRACTION99.75
4.603-5.3140.155850.1342032X-RAY DIFFRACTION99.7644
5.314-6.5040.2541020.1771709X-RAY DIFFRACTION99.6698
6.504-9.1810.169490.1621346X-RAY DIFFRACTION99.9284
9.181-47.740.175350.193726X-RAY DIFFRACTION94.5342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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