PDB-8ioo: Crystal structure of Deinococcus radiodurans RecJ-like protein in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ioo

タイトル

Crystal structure of Deinococcus radiodurans RecJ-like protein in complex with Mg2+

要素

RecJ-like protein

キーワード

HYDROLASE / RNase / nuclease

機能・相同性

DDH domain / DHH family / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / nucleic acid binding / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cheng, K.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional investigation of the DHH/DHHA1 family proteins in Deinococcus radiodurans.
著者: Wang, Y. / Hao, W. / Guo, Z. / Sun, Y. / Wu, Y. / Sun, Y. / Gao, T. / Luo, Y. / Jin, L. / Yang, J. / Cheng, K.

履歴

登録	2023年3月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ioo.cif.gz	390.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ioo.ent.gz	306 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ioo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ioo_validation.pdf.gz	5.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ioo_full_validation.pdf.gz	5.9 MB	表示
XML形式データ	8ioo_validation.xml.gz	40.9 KB	表示
CIF形式データ	8ioo_validation.cif.gz	58.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/8ioo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/8ioo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RecJ-like protein

B: RecJ-like protein

C: RecJ-like protein

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RecJ-like protein

B: RecJ-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
72 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: RecJ-like protein

ヘテロ分子

C: RecJ-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.897, 124.842, 80.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.720, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	RecJ-like protein 分子量: 35751.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 遺伝子: DR_0826 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RW43
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.9 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.4 M MgSO4, 0.08 M MES (pH 6.5), 15% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→42.04 Å / Num. obs: 106336 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 36.92 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / R_merge(I) obs: 0.358 / Num. unique obs: 7618

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→42.04 Å / SU ML: 0.2444 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3723
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2438	5046	4.96 %
R_work	0.2276	96759	-
obs	0.2284	101805	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→42.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7295	0	31	440	7766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0095	7458
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2446	10174
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0791	1157
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0158	1361
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.0216	2678

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.3692	182	0.3478	3223	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.02-2.05	0.3151	157	0.3307	3176	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.05-2.07	0.3402	135	0.3153	3238	X-RAY DIFFRACTION	98.71
2.07-2.1	0.3176	170	0.3137	3167	X-RAY DIFFRACTION	98.96
2.1-2.13	0.366	155	0.3032	3243	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.13-2.15	0.2897	167	0.2841	3174	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.15-2.19	0.2951	169	0.2784	3232	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.19-2.22	0.284	164	0.2692	3180	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.22-2.25	0.2859	187	0.2655	3227	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.25-2.29	0.2855	160	0.2571	3204	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.29-2.33	0.2589	155	0.2565	3208	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.33-2.37	0.2696	187	0.2572	3191	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.37-2.42	0.2609	158	0.2664	3233	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.42-2.47	0.2953	189	0.2742	3230	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.47-2.52	0.3158	165	0.2673	3229	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.52-2.58	0.253	152	0.2586	3213	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.58-2.64	0.216	168	0.2526	3235	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.64-2.71	0.277	192	0.2494	3206	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.71-2.79	0.2816	182	0.2429	3224	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.79-2.88	0.278	158	0.2422	3264	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.88-2.99	0.2644	164	0.2531	3229	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.99-3.11	0.2501	174	0.2421	3215	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.11-3.25	0.2509	142	0.2312	3256	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.25-3.42	0.2384	168	0.2218	3233	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.42-3.63	0.224	161	0.1969	3250	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.63-3.91	0.2294	188	0.2053	3239	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.91-4.31	0.1943	167	0.1846	3245	X-RAY DIFFRACTION	99.74
4.31-4.93	0.2062	183	0.1842	3238	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.93-6.21	0.243	154	0.2151	3290	X-RAY DIFFRACTION	99.91
6.21-42.04	0.2107	193	0.2057	3267	X-RAY DIFFRACTION	99.28

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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