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万見
- PDB-8iom: Crystal structure of the carboxy-terminal channel-forming domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iom
タイトルCrystal structure of the carboxy-terminal channel-forming domain of Colicin Ib
要素Colicin 1B
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / pore-forming toxin (膜孔形成毒素) / antibacterial protein (抗生物質) / colicin
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis / defense response to Gram-negative bacterium / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Channel forming colicin, N-terminal domain superfamily / Channel forming colicin, central receptor recognition / Colicin Ia / Channel forming colicin, C-terminal cytotoxic / Channel forming colicin, C-terminal domain superfamily / Colicin pore forming domain / Channel forming colicins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yang, J. / Hu, N.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
National Science Council (NSC, Taiwan)110-2311-B-005-005-MY3 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of colicin Ib Channel domain at 3.0 Angstroms resolution
著者: Yang, J.
履歴
登録2023年3月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_contact_author / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / refine / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num
解説: Sequence discrepancy
詳細: renumber the residues and atoms to full-length colicin Ib residue numbers
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Colicin 1B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0831
ポリマ－23,0831
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.994, 91.994, 113.896
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Space group name HallI4bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1,x+1/2,z+5/4
#7: y+1,-x+1/2,z+5/4
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Colicin 1B


分子量: 23082.576 Da / 分子数: 1 / 断片: channel-forming domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
株: 3160_NCHU22 / 遺伝子: CBL31_01480 / プラスミド: pQE70 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A200P0K8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.26 Å3/Da / Density meas: 0.0003158 Mg/m3 / 溶媒含有率: 76.61 % / 解説: rectangular prism shape
結晶化温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Precipitant: 0.1M sodium chloride, 0.1M sodium HEPES pH7.5, 12% w/v PEG 4000, 0.5 microliter 8mg/ml colicin Ib C domain mix with the same volume precipitant in the drop colicin Ib C domain ...詳細: Precipitant: 0.1M sodium chloride, 0.1M sodium HEPES pH7.5, 12% w/v PEG 4000, 0.5 microliter 8mg/ml colicin Ib C domain mix with the same volume precipitant in the drop colicin Ib C domain buffer:20mM sodium, citrate pH5.2, 200mM NaCl
PH範囲: 5.2-7.5 / Temp details: 1/20 celsius

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→30 Å / Num. all: 11058 / Num. obs: 11040 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 54.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.101 / Rsym value: 0.053 / Χ2: 0.868 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.94→3.06 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Num. unique obs: 1107 / CC1/2: 0.925 / CC star: 0.98 / Rpim(I) all: 0.289 / Rrim(I) all: 0.627 / Rsym value: 0.399 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→26.08 Å / SU ML: 0.3408 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5677
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 904 9.88 %
Rwork0.1962 8247 -
obs0.1985 9151 96.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→26.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1529 0 0 0 1529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00291552
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54392084
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0406235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032266
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3337205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.190.33161250.29521126X-RAY DIFFRACTION78.78
3.19-3.430.30261540.25911381X-RAY DIFFRACTION98.84
3.43-3.780.25631550.21521426X-RAY DIFFRACTION99.94
3.78-4.320.21211560.18461438X-RAY DIFFRACTION100
4.32-5.430.19191570.17091426X-RAY DIFFRACTION99.94
5.44-26.080.15721570.1591450X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.1581513747 Å / Origin y: -14.7555243867 Å / Origin z: -8.56515684354 Å
111213212223313233
T0.233263507179 Å20.00873922485158 Å2-0.00757791923456 Å2-0.294008863687 Å20.0158329807647 Å2--0.28152442102 Å2
L1.04916145155 °2-0.347785486752 °2-0.396071211126 °2-0.868800950423 °20.404634742419 °2--2.3345264988 °2
S-0.00979578397846 Å °0.0195326023392 Å °0.0335585845808 Å °0.0632192913927 Å °-0.027696316799 Å °-0.047224786027 Å °-0.0668563173908 Å °-0.110548679571 Å °6.06189290359E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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