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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iof | ||||||
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タイトル | Crystal structure of N-methyl-Cis-4-hydroxy-D-proline dehydratase in Clostridium sp. FS41 | ||||||
要素 | Benzylsuccinate synthase alpha subunit | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Glycyl Radical Enzyme / dehydratase (脱水酵素) / N-methyl-Cis-4-hydroxy-D-proline | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium sp. FS41 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å | ||||||
データ登録者 | Jiang, L. / Zhang, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of N-methyl-Cis-4-hydroxy-D-proline dehydratase in Clostridium sp. FS41 著者: Jiang, L. / Zhang, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iof.cif.gz | 631.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iof.ent.gz | 518.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8iof.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/8iof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/8iof | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 89175.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium sp. FS41 (バクテリア) 遺伝子: bssA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F0CL90 #2: 化合物 | ChemComp-87I / ( 分子量: 145.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 16% (w/v) PEG3350, 100 mM cis-N-Methyl-4-hydroxy-D-proline |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→39.49 Å / Num. obs: 144785 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.75 / Χ2: 0.63 / Net I/σ(I): 2.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.39 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 1.261 / Num. unique obs: 10653 / CC1/2: 0.246 / Rpim(I) all: 0.896 / Rrim(I) all: 0.99 / Χ2: 0.44 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→39.427 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 28.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→39.427 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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