[日本語] English
万見
- PDB-8in9: The structure of the GfsA KSQ-AT didomain in complex with the Gfs... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8in9
タイトルThe structure of the GfsA KSQ-AT didomain in complex with the GfsA ACP domain
要素(Polyketide synthaseポリケチド合成酵素) x 2
キーワードLYASE (リアーゼ) / Decarboxylase (脱炭酸酵素) / Complex / Polyketide synthase (ポリケチド合成酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


organic cyclic compound biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Polyketide synthase, C-terminal extension ...Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Phosphopantetheine attachment site / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9EF / ポリケチド合成酵素
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces graminofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chisuga, T. / Murakami, S. / Miyanaga, A. / Kudo, F. / Eguchi, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02911 日本
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Analysis of Transient Interactions between Ketosynthase-like Decarboxylase and Acyl Carrier Protein in a Loading Module of Modular Polyketide Synthase.
著者: Chisuga, T. / Murakami, S. / Miyanaga, A. / Kudo, F. / Eguchi, T.
履歴
登録2023年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase
B: Polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,5243
ポリマ－105,1402
非ポリマー3831
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.212, 102.212, 408.013
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase / ポリケチド合成酵素


分子量: 94895.852 Da / 分子数: 1 / 変異: Q197C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GB BAJ16467.2
由来: (組換発現) Streptomyces graminofaciens (バクテリア)
遺伝子: gfsA / プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 Polyketide synthase / ポリケチド合成酵素 / acyl carrier protein


分子量: 10244.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces graminofaciens (バクテリア)
遺伝子: gfsA / プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E0D202
#3: 化合物 ChemComp-9EF / N-[2-(acetylamino)ethyl]-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide


分子量: 383.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26N3O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, Tris-HCl, Pentaerythritol ethoxylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月4日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 15447 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 154.88 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 3.4→3.67 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 1.334 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3126 / CC1/2: 0.756 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→43.33 Å / SU ML: 0.4967 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.7828
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3107 776 5.04 %
Rwork0.2652 14627 -
obs0.2674 15403 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 259.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→43.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6574 0 24 0 6598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00446714
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72459124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04611057
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.98713960
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.610.40811440.36052377X-RAY DIFFRACTION99.88
3.61-3.890.33711340.30042373X-RAY DIFFRACTION99.48
3.89-4.280.28421110.26632418X-RAY DIFFRACTION99.84
4.28-4.90.31011300.262420X-RAY DIFFRACTION99.57
4.9-6.170.29761200.31132466X-RAY DIFFRACTION99.61
6.17-43.330.30761370.23752573X-RAY DIFFRACTION98.58
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.194556956 Å / Origin y: 34.9233838413 Å / Origin z: -28.6437801133 Å
111213212223313233
T2.04978602308 Å20.933784108101 Å20.207816089753 Å2-2.02276156108 Å20.201901515249 Å2--1.6991330508 Å2
L2.54940052159 °2-0.897186571758 °2-0.762076989196 °2-2.29523366068 °21.23595829828 °2--1.50869715572 °2
S0.355013474243 Å °1.23802175693 Å °0.369775348594 Å °-0.882353628135 Å °-0.167219017283 Å °-0.449400034132 Å °-0.616396022273 Å °-0.607311780933 Å °-0.113433486842 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る