ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.19.2_4158精密化 | Blu-Ice | | データ収集 | XDS | | データ削減 | Aimless | | データスケーリング | PHENIX | | モデル構築 | PDB_EXTRACT | | データ抽出 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→46.19 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.75 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2231 | 1917 | 4.98 % |
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Rwork | 0.1845 | - | - |
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obs | 0.1864 | 38464 | 99.93 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.19 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3442 | 0 | 0 | 301 | 3743 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.008 | 3520 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.989 | 4777 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d10.104 | 449 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.061 | 555 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.008 | 592 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.9-1.95 | 0.3043 | 135 | 0.2532 | 2532 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.95-2 | 0.2355 | 115 | 0.1973 | 2613 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2-2.06 | 0.2184 | 144 | 0.1769 | 2550 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.06-2.13 | 0.2517 | 139 | 0.176 | 2520 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.13-2.2 | 0.2144 | 137 | 0.1798 | 2593 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.2-2.29 | 0.2666 | 123 | 0.194 | 2605 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.29-2.39 | 0.2371 | 137 | 0.1904 | 2601 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.39-2.52 | 0.2167 | 142 | 0.1887 | 2574 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.52-2.68 | 0.2455 | 147 | 0.1885 | 2587 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.68-2.88 | 0.2659 | 128 | 0.1916 | 2613 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.88-3.17 | 0.2373 | 127 | 0.1877 | 2628 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.18-3.63 | 0.1997 | 138 | 0.1781 | 2642 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.63-4.58 | 0.1937 | 158 | 0.1605 | 2669 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.58-46.19 | 0.1985 | 147 | 0.1908 | 2820 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.3528 Å / Origin y: 20.3331 Å / Origin z: 74.8492 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.111 Å2 | 0.0066 Å2 | 0.0099 Å2 | - | 0.1284 Å2 | -0.028 Å2 | - | - | 0.1404 Å2 |
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L | 1.7703 °2 | -0.1782 °2 | -0.3738 °2 | - | 0.8023 °2 | 0.2204 °2 | - | - | 1.6824 °2 |
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S | 0.0101 Å ° | -0.304 Å ° | 0.2137 Å ° | -0.0199 Å ° | 0.0305 Å ° | -0.0134 Å ° | -0.1142 Å ° | 0.0132 Å ° | -0.0114 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |
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