PDB-8in0: Structure of the Keap1 Kelch domain in complex with PGAM5-derived...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8in0

タイトル

Structure of the Keap1 Kelch domain in complex with PGAM5-derived peptide

要素

Kelch-like ECH-associated protein 1
PGAM5 12-mer peptide

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Kelch / PGAM5 derived peptide / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to carbohydrate stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo (哺乳類)

手法

X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Jiang, L. / Wang, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Keap1 Kelch domain in complex with PGAM5-derived peptide
著者: Jiang, L. / Wang, C.

履歴

登録	2023年3月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8in0.cif.gz	82 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8in0.ent.gz	56.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8in0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8in0_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8in0_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8in0_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	8in0_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/8in0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/8in0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

B: PGAM5 12-mer peptide

ヘテロ分子

40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.655, 103.655, 56.167
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 分子量: 38301.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: タンパク質・ペプチド	PGAM5 12-mer peptide 分子量: 1403.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo (哺乳類)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, Lithium sulfate, Sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.8 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→24.704 Å / Num. obs: 31965 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.957 / Net I/σ(I): 14.68
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 3192 / CC_1/2: 0.605

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.8→24.704 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.877 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / WR_factor R_free: 0.233 / WR_factor R_work: 0.202 / SU B: 4.457 / SU ML: 0.124 / Average fsc free: 0.8143 / Average fsc work: 0.8256 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2847	1536	4.917 %
R_work	0.2533	29704	-
all	0.255	-	-
obs	-	31240	97.485 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.466 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.004 Å²	0.002 Å²	0 Å²
2-	-	0.004 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.014 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.704 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2304	0	20	220	2544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.669	1.639	3230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.35	1.572	4801
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.506	5	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.322	20.515	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.244	15	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.635	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.203	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.594	1.668	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.558	1.667	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.613	2.482	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.614	2.484	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.187	1.99	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.099	1.965	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.405	2.885	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.288	2.851	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.127	20.176	2655
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.862	19.866	2601

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.326	134	0.271	2226	X-RAY DIFFRACTION	99.873
1.847-1.897	0.484	128	0.431	1998	X-RAY DIFFRACTION	92.5958
1.897-1.952	0.67	99	0.67	1953	X-RAY DIFFRACTION	92.1419
1.952-2.012	0.301	89	0.256	2074	X-RAY DIFFRACTION	99.6774
2.012-2.078	0.288	97	0.225	2024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.078-2.151	0.244	100	0.205	1913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.151-2.232	0.296	65	0.296	1715	X-RAY DIFFRACTION	90.8627
2.232-2.323	0.529	98	0.529	1603	X-RAY DIFFRACTION	89.6679
2.323-2.427	0.263	83	0.2	1741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.427-2.545	0.219	82	0.179	1659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.683	0.278	62	0.187	1592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.845	0.256	78	0.18	1482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.845-3.041	0.224	97	0.176	1374	X-RAY DIFFRACTION	100
3.041-3.285	0.222	58	0.181	1319	X-RAY DIFFRACTION	100
3.285-3.598	0.209	76	0.181	1178	X-RAY DIFFRACTION	98.6625
3.598-4.022	0.23	36	0.188	1071	X-RAY DIFFRACTION	96.5126
4.022-4.642	0.145	57	0.124	958	X-RAY DIFFRACTION	99.8033
4.642-5.682	0.174	43	0.151	823	X-RAY DIFFRACTION	100
5.682-8.019	0.175	31	0.175	652	X-RAY DIFFRACTION	100
8-10	0.152	23	0.152	349	X-RAY DIFFRACTION	95.6298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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