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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8imx | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of GPI-T with a chimeric GPI-anchored protein | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / cryo-EM / glycosylphosphatidylinositol / GPI / GPI anchored protein / GPI-AP / membrane protein complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() GPI-anchor transamidase activity / attachment of GPI anchor to protein / GPI-anchor transamidase complex / GPI anchor biosynthetic process / protein retention in ER lumen / Attachment of GPI anchor to uPAR / natural killer cell lectin-like receptor binding / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / 加水分解酵素 / natural killer cell mediated cytotoxicity ...GPI-anchor transamidase activity / attachment of GPI anchor to protein / GPI-anchor transamidase complex / GPI anchor biosynthetic process / protein retention in ER lumen / Attachment of GPI anchor to uPAR / natural killer cell lectin-like receptor binding / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / 加水分解酵素 / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / protein disulfide isomerase activity / tubulin binding / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / neuron differentiation / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / immune response / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
![]() | Xu, Y. / Li, T. / Qu, Q. / Li, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of liganded glycosylphosphatidylinositol transamidase illuminate GPI-AP biogenesis. 著者: Yidan Xu / Tingting Li / Zixuan Zhou / Jingjing Hong / Yulin Chao / Zhini Zhu / Ying Zhang / Qianhui Qu / Dianfan Li / ![]() 要旨: Many eukaryotic receptors and enzymes rely on glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchors for membrane localization and function. The transmembrane complex GPI-T recognizes diverse proproteins at a ...Many eukaryotic receptors and enzymes rely on glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchors for membrane localization and function. The transmembrane complex GPI-T recognizes diverse proproteins at a signal peptide region that lacks consensus sequence and replaces it with GPI via a transamidation reaction. How GPI-T maintains broad specificity while preventing unintentional cleavage is unclear. Here, substrates- and products-bound human GPI-T structures identify subsite features that enable broad proprotein specificity, inform catalytic mechanism, and reveal a multilevel safeguard mechanism against its promiscuity. In the absence of proproteins, the catalytic site is invaded by a locally stabilized loop. Activation requires energetically unfavorable rearrangements that transform the autoinhibitory loop into crucial catalytic cleft elements. Enzyme-proprotein binding in the transmembrane and luminal domains respectively powers the conformational rearrangement and induces a competent cleft. GPI-T thus integrates various weak specificity regions to form strong selectivity and prevent accidental activation. These findings provide important mechanistic insights into GPI-anchored protein biogenesis. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 506.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 376 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 87.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 124.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 35575MC ![]() 8imyC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 DGKU
#1: タンパク質 | 分子量: 35573.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: A chimera proprotein containing the N- and C-terminal signal peptide of ULBP2, and a thermostable green fluorescence protein replacing the main part of ULBP2. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ULBP2, N2DL2, RAET1H, UNQ463/PRO791 / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 96990.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GPAA1, GAA1 / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 73443.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PIGK, GPI8 / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q92643, UniProt: Q9U6Y3, 加水分解酵素 |
#6: タンパク質 | 分子量: 77141.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PIGU, CDC91L1, PSEC0205, UNQ3055/PRO9875 / 発現宿主: ![]() |
-GPI transamidase component PIG- ... , 2種, 2分子 ST
#4: タンパク質 | 分子量: 90421.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PIGS, UNQ1873/PRO4316 / 発現宿主: ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 94207.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PIGT, CGI-06, PSEC0163, UNQ716/PRO1379 / 発現宿主: ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P
#7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 323.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-糖 , 3種, 4分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/PA1.gif)
![](data/chem/img/PA1.gif)
#8: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
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#14: 糖 | #18: 糖 | ChemComp-PA1 / | |
-非ポリマー , 10種, 26分子 ![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/6OU.gif)
![](data/chem/img/AJP.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/LBN.gif)
![](data/chem/img/80T.gif)
![](data/chem/img/80Y.gif)
![](data/chem/img/05E.gif)
![](data/chem/img/81Q.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/6OU.gif)
![](data/chem/img/AJP.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/LBN.gif)
![](data/chem/img/80T.gif)
![](data/chem/img/80Y.gif)
![](data/chem/img/05E.gif)
![](data/chem/img/81Q.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-Y01 / #10: 化合物 | ChemComp-MG / | #11: 化合物 | ChemComp-6OU / [( #12: 化合物 | ChemComp-AJP / | #13: 化合物 | ChemComp-CA / | #15: 化合物 | ChemComp-LBN / | #16: 化合物 | ChemComp-80T / [( | #17: 化合物 | #19: 化合物 | ChemComp-05E / | #20: 化合物 | ChemComp-81Q / [( | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex of GPI-T with a chimeric GPI-anchored protein タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 469 kDa/nm / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 詳細: 0.1 % Digitonin, 150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3170202 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34261 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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