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万見
- PDB-8imh: Solution structure of the N terminal domain of MazE9 antitoxin (n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8imh
タイトルSolution structure of the N terminal domain of MazE9 antitoxin (nMazE9) from Mycobacterium tuberculosis
要素Antitoxin MazE9
キーワードANTITOXIN / Ribbon-helix-helix / RHH motif / DNA binding domain / transcription factor / toxin-antitoxin system / Mycobacterium tuberculosis MazEF9 system / mazE-mt1
機能・相同性positive regulation of growth / detoxification / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / toxin sequestering activity / regulation of DNA-templated transcription / Antitoxin MazE9
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Basu Roy, T. / Sarma, S.P.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
Department of Science & Technology (DST, India) インド
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: Insights into the solution structure and transcriptional regulation of the MazE9 antitoxin in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Roy, T.B. / Sarma, S.P.
履歴
登録2023年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
改定 1.22024年12月18日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin MazE9
B: Antitoxin MazE9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2492
ポリマ－9,2492
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, NMR relaxation study, gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2910 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area4910 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Antitoxin MazE9


分子量: 4624.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: mazE9, mazE-mt1, Rv2801A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CL61
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-1H TOCSY
121isotropic22D 1H-1H NOESY
132isotropic12D 1H-15N HSQC
142isotropic13D HN(CA)CB
152isotropic13D CC(CO)NH-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1450 uM nMazE9, 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.01 % w/v sodium azide, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2Ounlabeled_nMazE990% H2O/10% D2O
solution2430 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] nMazE9, 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2ODL-nMazE990% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
450 uMnMazE9natural abundance1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
20 mMsodium chloridenatural abundance1
0.01 % w/vsodium azidenatural abundance1
10 %D2Onatural abundance1
430 uMnMazE9[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMpotassium phosphatenatural abundance2
20 mMsodium chloridenatural abundance2
0.01 %sodium azidenatural abundance2
10 %D2Onatural abundance2
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: phosphate buffer pH 7.0 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian DDS2VarianDDS26001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH3.4Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4.2, 2.5.0CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4.2, 2.5.0CCPNpeak picking
NMRPipe9.5 Rev 2018.060.15.58 , 10.9 Rev 2020.119.13.27Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VnmrJ4.2Variancollection
TopSpin4.1.0Bruker Biospincollection
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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