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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8imd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Cu/Zn Superoxide dismutase from Paenibacillus lautus | ||||||
![]() | Cu/Zn-Superoxide dismutase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Superoxide dismutase / SOD / SOD1 | ||||||
機能・相同性 | COPPER (II) ION![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Narikiyo, S. / Furukawa, Y. / Akutsu, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Characterization of a novel cysteine-less Cu/Zn-superoxide dismutase in Paenibacillus lautus missing a conserved disulfide bond. 著者: Furukawa, Y. / Shintani, A. / Narikiyo, S. / Sue, K. / Akutsu, M. / Muraki, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23267.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.33 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 22.5% PEG 4,000, 100 mM acetic acid and sodium acetate buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.275 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→45.31 Å / Num. obs: 74112 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 26.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 15.9 % / Rmerge(I) obs: 1.538 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 10562 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.781 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.45→45.35 Å
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拘束条件 |
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