PDB-8im5: Solution structure of the mouse HOIL1-L NZF domain in the free form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8im5

タイトル

Solution structure of the mouse HOIL1-L NZF domain in the free form

要素

RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Ubiquitin-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

TNFR1-induced proapoptotic signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / protein linear polyubiquitination / Regulation of TNFR1 signaling / LUBAC complex / RBR-type E3 ubiquitin transferase / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin ligase activator activity / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Walinda, E. / Morimoto, D.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K15756	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22K06161	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18K14665	日本

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Solution structure of the HOIL-1L NZF domain reveals a conformational switch regulating linear ubiquitin affinity.
著者: Walinda, E. / Sugase, K. / Ishii, N. / Shirakawa, M. / Iwai, K. / Morimoto, D.

履歴

登録	2023年3月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8im5.cif.gz	203.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8im5.ent.gz	165 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8im5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8im5_validation.pdf.gz	590.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8im5_full_validation.pdf.gz	788.4 KB	表示
XML形式データ	8im5_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	8im5_validation.cif.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/8im5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/8im5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 27606 BMRB: 12026

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (4) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (4) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1

ヘテロ分子

7.57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 250	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1 / Heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1 homolog / HOIL-1 / RING-type E3 ubiquitin transferase HOIL-1 ...Heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1 homolog / HOIL-1 / RING-type E3 ubiquitin transferase HOIL-1 / UbcM4-interacting protein 28 / Ubiquitin-conjugating enzyme 7-interacting protein 3 分子量: 7434.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ZN / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rbck1, Rbck, Ubce7ip3, Uip28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WUB0, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	2	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	3	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
2	4	1	anisotropic	1	HSQC-DSSE (IPAP)
3	5	1	anisotropic	1	HSQC-DSSE (IPAP)
1	6	1	isotropic	1	HSQC-DSSE (IPAP)

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HOIL-1L NZF domain, 20 mM HEPES pH 7.0, 1 mM TCEP, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O
詳細: NMR sample for structure determination 13C- and 15N-NOESY measurements in isotropic liquid
Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	HOIL-1L NZF domain	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
20 mM	HEPES pH 7.0	natural abundance	1
1 mM	TCEP	natural abundance	1
50 mM	sodium chloride	natural abundance	1

試料状態

pH: 7.0 / PH err: 0.05 / 圧: 1013.2 mbar / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

Conditions-ID	詳細	イオン強度	Label
1	Buffer conditions for structure determination 13C- and 15N-NOESY measurements in isotropic liquid as described before in Ishii, Naoki, et al. "NMR resonance assignments of the NZF domain of mouse HOIL-1L free and bound to linear di-ubiquitin." Biomolecular NMR Assignments 13.1 (2019): 149-153.	70 mM	conditions_1
2	PEG bicelle nematic phase was obtained by mixing Pentaethylene glycol monododecyl ether (C12E5 PEG, Sigma Aldrich) with NMR buffer (as defined in condition_1) and then stepwise adding small aliquots (1 microliterl) of hexanol (Sigma Aldrich) according to the detailed protocol given on: http://www.nmr2.buffalo.edu/nesg.wiki/Alignment_Media_Preparation	70 mM	anisotropic_1
3	Pf1 phage from ASLA biotech was mixed with condition_1 to achieve a final concentration of Pf1 phage of 10 mg/ml.	40 mM	anisotropic_2

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 700 MHz 詳細: 5-mm 15N/13C/1H z-gradient triple resonance cryogenic probe

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解析

NMR software	名称: CYANA / バージョン: 3.98.13 / 開発者: Peter Guentert / 分類: 精密化
精密化	手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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