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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8im3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human HPPD complexed with compound a10 | ||||||
要素 | 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Complex / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Tyrosine catabolism / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / extracellular exosome / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å | ||||||
データ登録者 | Dong, J. / Lin, H.-Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Structure-based discovery of pyrazole-benzothiadiazole hybrid as human HPPD inhibitors. 著者: Dong, J. / Xiao, H. / Chen, J.N. / Zheng, B.F. / Xu, Y.L. / Chen, M.X. / Yang, W.C. / Lin, H.Y. / Yang, G.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8im3.cif.gz | 440.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8im3.ent.gz | 359.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8im3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8im3_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8im3_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8im3_validation.xml.gz | 80.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8im3_validation.cif.gz | 105.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/8im3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/8im3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8im2C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44996.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPD, PPD 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P32754, 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase #2: 化合物 | ChemComp-CO / #3: 化合物 | ChemComp-92U / [ #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.73 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.03M CaCl2, 0.03M MgCl2, 0.05M Tris, 0.05M Bicine, pH8.5, 25% MPD, 25% PEG 1000, 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9875 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 53437 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 1.4 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.78→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2140 / CC1/2: 0.851 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.78→48.19 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.04 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.78→48.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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