PDB-8im1: mCherry-LaM1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8im1

タイトル

mCherry-LaM1 complex

要素

LaM1
MCherry fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / PROTEIN BINDING / FLUORESCENT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / MCherry fluorescent protein

機能・相同性情報

生物種

Anaplasma marginale (バクテリア)

Camelus bactrianus (フタコブラクダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Liang, H. / Liu, R. / Ding, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Structural Insights into the Binding of Red Fluorescent Protein mCherry-Specific Nanobodies.
著者: Liang, H. / Ma, Z. / Wang, Z. / Zhong, P. / Li, R. / Jiang, H. / Zong, X. / Zhong, C. / Liu, X. / Liu, P. / Liu, J. / Zhu, H. / Liu, R. / Ding, Y.

履歴

登録	2023年3月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8im1.cif.gz	281.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8im1.ent.gz	228.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8im1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8im1_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8im1_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	8im1_validation.xml.gz	55.1 KB	表示
CIF形式データ	8im1_validation.cif.gz	75.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/8im1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/8im1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ilxC 8im0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: MCherry fluorescent protein

B: LaM1

C: MCherry fluorescent protein

D: LaM1

E: MCherry fluorescent protein

F: LaM1

G: MCherry fluorescent protein

H: LaM1

ヘテロ分子

165 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.070, 74.830, 94.640
Angle α, β, γ (deg.)	111.33, 100.68, 104.42
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	MCherry fluorescent protein 分子量: 26797.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anaplasma marginale (バクテリア) 遺伝子: mCherry / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5DSL3
#2: タンパク質	LaM1 分子量: 14094.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Camelus bactrianus (フタコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M Potassium sulfate, 20 %(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→41.97 Å / Num. obs: 97591 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.101 / Χ²: 0.84 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 349365
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.987 / Num. measured all: 25139 / Num. unique obs: 7164 / CC_1/2: 0.54 / R_pim(I) all: 0.619 / R_rim(I) all: 1.169 / Χ²: 0.81 / Net I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→32.13 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2352	4723	4.84 %
R_work	0.2045	-	-
obs	0.206	97559	96.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→32.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10492	0	50	527	11069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.691
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.072	1486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1525
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1878

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.07	0.3582	147	0.3528	3138	X-RAY DIFFRACTION	96
2.07-2.1	0.3534	164	0.3327	3002	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1-2.12	0.3803	137	0.331	3152	X-RAY DIFFRACTION	97
2.12-2.15	0.3524	169	0.3252	3057	X-RAY DIFFRACTION	96
2.15-2.18	0.3344	185	0.3018	3039	X-RAY DIFFRACTION	97
2.18-2.21	0.344	149	0.2841	3157	X-RAY DIFFRACTION	97
2.21-2.24	0.342	174	0.2825	3021	X-RAY DIFFRACTION	97
2.24-2.27	0.309	157	0.2722	3126	X-RAY DIFFRACTION	97
2.27-2.31	0.2679	181	0.2594	3113	X-RAY DIFFRACTION	97
2.31-2.35	0.2971	147	0.2627	3096	X-RAY DIFFRACTION	98
2.35-2.39	0.297	150	0.2566	3083	X-RAY DIFFRACTION	97
2.39-2.43	0.329	162	0.2589	3158	X-RAY DIFFRACTION	97
2.43-2.48	0.2927	153	0.2543	3070	X-RAY DIFFRACTION	98
2.48-2.53	0.3033	152	0.2538	3138	X-RAY DIFFRACTION	98
2.53-2.58	0.2968	165	0.2616	3143	X-RAY DIFFRACTION	98
2.58-2.64	0.3206	168	0.2502	3112	X-RAY DIFFRACTION	98
2.64-2.71	0.2774	136	0.2455	3106	X-RAY DIFFRACTION	98
2.71-2.78	0.3219	187	0.2442	3098	X-RAY DIFFRACTION	98
2.78-2.86	0.2736	149	0.2431	3148	X-RAY DIFFRACTION	98
2.86-2.96	0.2565	157	0.2308	3119	X-RAY DIFFRACTION	98
2.96-3.06	0.2803	142	0.2249	3122	X-RAY DIFFRACTION	98
3.06-3.18	0.255	144	0.2221	3114	X-RAY DIFFRACTION	98
3.18-3.33	0.2664	143	0.209	3142	X-RAY DIFFRACTION	98
3.33-3.5	0.2072	165	0.1887	3136	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5-3.72	0.2279	160	0.1854	3094	X-RAY DIFFRACTION	97
3.72-4.01	0.2042	185	0.1778	3048	X-RAY DIFFRACTION	96
4.01-4.41	0.1861	145	0.1501	3079	X-RAY DIFFRACTION	96
4.41-5.05	0.1524	151	0.1395	3049	X-RAY DIFFRACTION	95
5.05-6.35	0.1674	151	0.164	3033	X-RAY DIFFRACTION	95
6.35-32.13	0.1919	148	0.1821	2943	X-RAY DIFFRACTION	92

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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