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万見
- PDB-8ilw: Transcription factor LMX1a homeobox domain in complex with Pitx3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ilw
タイトルTranscription factor LMX1a homeobox domain in complex with Pitx3 promoter
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*GP*TP*T)-3')
  • LMX1A factor
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / protein-dsDNA complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lmx1a, first LIM domain / : / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain ...Lmx1a, first LIM domain / : / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / LMX1A factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.712 Å
データ登録者Lv, M.Q. / Lin, L.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32293213, 32100958, 32090042 and 31870760 中国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the recognition of the A/T-rich motif in target gene promoters by the LMX1a homeobox domain
著者: Lv, M.Q. / Lin, L.Q.
履歴
登録2023年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*GP*TP*T)-3')
C: LMX1A factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8273
ポリマ－16,8273
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.693, 51.486, 102.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量: 4819.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*GP*TP*T)-3')


分子量: 4974.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 LMX1A factor


分子量: 7033.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for homo sapiens is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A7K7QDL0.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Lmx1a, POEATR_R03507 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7K7QDL0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 mM sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→34.59 Å / Num. obs: 7085 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.94 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 536 / CC1/2: 0.905

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX3.3.22精密化
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.712→34.588 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 36.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2842 536 7.57 %
Rwork0.2485 --
obs0.2512 7085 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.712→34.588 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数466 650 0 3 1119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.311754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.75609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063201
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007111
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.712-2.98480.49841380.38441563X-RAY DIFFRACTION98
2.9848-3.41640.38211260.32081621X-RAY DIFFRACTION99
3.4164-4.3030.30751280.26641647X-RAY DIFFRACTION100
4.303-34.5880.21781440.20171718X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36270.6007-1.12886.8145-1.40013.20950.49940.2950.3055-1.01090.40550.6098-0.45370.7083-0.66570.83650.039-0.00830.7231-0.09530.809413.3351.24161.5295
20.2307-0.2495-0.70483.3881-2.05833.82890.4271-0.15560.5864-0.01540.19870.2429-1.0299-0.3972-0.37790.99320.02870.03630.65480.08860.711610.3421.5445-1.6807
33.8148-1.1097-2.27083.3494-0.54711.7318-0.00570.46120.37610.1424-0.0380.1921-0.45620.36360.00020.3895-0.0533-0.03120.46980.02430.48778.1992-10.8625-3.6131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 16)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 16)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 196 through 255)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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