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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ilj | ||||||
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タイトル | S-formylglutathione hydrolase (BuSFGH) from Burkholderiaceae sp. | ||||||
![]() | S-formylglutathione hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / S-formylglutathione hydrolase | ||||||
機能・相同性 | S-formylglutathione hydrolase / S-formylglutathione hydrolase activity / S-formylglutathione hydrolase / formaldehyde catabolic process / Esterase-like / Putative esterase / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / S-formylglutathione hydrolase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hwang, J. / Lee, J.H. / Do, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and functional characterization of an S-formylglutathione hydrolase (BuSFGH) from Burkholderiaceae sp. 著者: Hwang, J. / Do, H. / Shim, Y.S. / Lee, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30839.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium citrate pH 5.0 and 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→29.52 Å / Num. obs: 65529 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 19.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08096 / Net I/σ(I): 20.63 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.3969 / Num. unique obs: 6421 / CC1/2: 0.969 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→29.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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