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- PDB-8ili: The crystal structure of dG(Se-Rp)-DNA:Pol X product binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ili
タイトルThe crystal structure of dG(Se-Rp)-DNA:Pol X product binary complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*(7S8))-3')
  • Repair DNA polymerase X
キーワードREPLICATION/DNA / DNA polymerase / substrate complex / selenium-modified dNTP / configuration / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via nonhomologous end joining / virion component / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Repair DNA polymerase X
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Qin, T. / Gan, J.H. / Huang, Z.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2303700 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22107079 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22077089 中国
Ministry of Education (MoE, China)2020M673205 中国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Structural Insight into Polymerase Mechanism via a Chiral Center Generated with a Single Selenium Atom.
著者: Qin, T. / Hu, B. / Zhao, Q. / Wang, Y. / Wang, S. / Luo, D. / Lyu, J. / Chen, Y. / Gan, J. / Huang, Z.
履歴
登録2023年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.pair_name / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*(7S8))-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*(7S8))-3')
G: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*(7S8))-3')
H: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*(7S8))-3')
A: Repair DNA polymerase X
B: Repair DNA polymerase X
C: Repair DNA polymerase X
D: Repair DNA polymerase X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,01624
ポリマ－92,0538
非ポリマー96316
水12,809711
1
E: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*(7S8))-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*(7S8))-3')
A: Repair DNA polymerase X
B: Repair DNA polymerase X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,60413
ポリマ－46,0264
非ポリマー5789
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
2
G: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*(7S8))-3')
H: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*(7S8))-3')
C: Repair DNA polymerase X
D: Repair DNA polymerase X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,41211
ポリマ－46,0264
非ポリマー3857
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.420, 87.344, 87.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*(7S8))-3')


分子量: 2490.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質
Repair DNA polymerase X / Pol X / AsfvPolX


分子量: 20522.643 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (strain Badajoz 1971 Vero-adapted) (ウイルス)
遺伝子: Ba71V-97, O174L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42494, DNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ammonium sulfate (0.2 M), Bis-Tris pH 6.5 (0.1 M), 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 69608 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 0.046 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 346977
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.973.40.26461910.872187.4
1.97-2.053.50.23466210.922192.5
2.05-2.144.10.21369550.998197.3
2.14-2.254.50.18270181.051198.3
2.25-2.394.70.14770501.105198.7
2.39-2.584.90.12170601.174198.7
2.58-2.845.60.09271081.167199.4
2.84-3.255.70.06871551.188199.4
3.25-4.096.70.04471781.028199.8
4.09-306.50.03772720.921199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 3.713 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24293 3219 5 %RANDOM
Rwork0.21517 ---
obs0.21657 61518 90.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.102 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0 Å2-0.25 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5673 644 48 711 7076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0186533
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2261.8968930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.096314596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1625705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.95722.941221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.267151146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0561540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9232.3052826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9232.3052825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.653.4493526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.653.4493527
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7882.2513707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7822.2233675
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3573.2815355
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.23218.3257883
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.51617.6677439
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A225700.07
12B225700.07
21A224660.06
22C224660.06
31A225120.06
32D225120.06
41B221280.05
42C221280.05
51B224160.05
52D224160.05
61C225000.05
62D225000.05
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 91 -
Rwork0.253 2851 -
obs--55.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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