virion component / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase beta thumb / DNA polymerase, thumb domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily 類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7Q6 / : / DNA / Repair DNA polymerase X 類似検索 - 構成要素
A: Repair DNA polymerase X B: Repair DNA polymerase X E: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*A)-3') G: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*A)-3') H: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*A)-3') J: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*A)-3') ヘテロ分子
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 21788 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 0.216 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Num. unique obs
Χ2
Diffraction-ID
% possible all
3-3.11
12.8
1.225
2123
1.043
1
100
3.11-3.23
13.4
0.742
2123
1.061
1
99.8
3.23-3.38
13.3
0.429
1063
1.009
1
100
3.38-3.56
13.1
0.345
1060
1.254
1
100
3.56-3.78
12.8
0.228
1069
1.209
1
99.9
3.78-4.07
11.3
0.146
1085
1.131
1
99.6
4.07-4.48
12.4
0.085
1078
0.933
1
99.9
4.48-5.12
13.3
0.065
1103
0.849
1
99.9
5.12-6.44
12.8
0.06
1114
0.943
1
99.8
6.44-30
11.6
0.098
1180
2.246
1
99.7
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.7.0029
精密化
HKL-3000
データ削減
HKL-3000
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 7.721 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.391 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.24462
1096
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.20437
-
-
-
obs
0.20647
20337
98.89 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK